PDB-4dt8: Crystal Structure of Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dt8

タイトル

Crystal Structure of Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type IVa in Complex with Adenosine

要素

APH(2'')-Id

キーワード

TRANSFERASE / Aminoglycoside kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Shi, K. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Dual Nucleotide Selectivity of Aminoglycoside 2''-Phosphotransferase IVa Provides Insight on Determinants of Nucleotide Specificity of Aminoglycoside Kinases.
著者: Shi, K. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2012年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dt8.cif.gz	254.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dt8.ent.gz	207 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dt8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dt8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dt9C 4dtaC 4dtbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cd7-1 1yx2-2 3n4t-d 5c4k-1 4dt9-1 6cd7-2 3sg9-2 4de4-2 4de4-1 4dfb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.664, 101.403, 73.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 36496.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES, 150mM potassium nitrate, 17% PEG 3350, 6% 2-propanol, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月27日
放射	モノクロメーター: Confocal dual reflection mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 31702 / Num. obs: 31670 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.3 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 27.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / R_sym value: 0.3 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→41.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 11.92 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24494	1686	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19003	-	-	-
all	0.19284	31670	-	-
obs	0.19284	31670	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	-0.05 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4811	0	40	197	5048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	5009
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.969	6792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.387	5	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.896	25.041	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.856	15	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.315	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	735
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.208 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	122	-
R_work	0.233	2252	-
obs	-	-	98.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5043	1.111	1.1515	0.6319	-0.5716	4.154	-0.0363	0.1328	-0.1419	-0.0541	-0.062	-0.1708	0.0434	0.344	0.0983	0.1248	-0.0216	0.0377	0.1529	0.0304	0.2008	16.3936	-5.5366	20.7039
2	1.6183	-0.0154	-0.3062	1.0122	0.1774	0.3246	0.0197	-0.0597	-0.0828	-0.0169	0.0421	0.0091	0.0359	-0.0576	-0.0618	0.079	-0.0319	-0.0298	0.1124	0.0206	0.0734	4.781	-10.1497	24.9932
3	1.3248	0.1938	0.4118	2.3276	1.3619	3.4264	0.0065	0.0232	0.0245	0.0933	-0.0766	0.1898	-0.1161	0.0748	0.0701	0.028	-0.0068	0.0044	0.0495	0.0157	0.0682	-9.9841	-9.1005	37.641
4	3.8339	-1.9139	1.059	2.3425	-0.5231	0.8632	0.0047	0.0628	-0.0997	-0.0368	-0.0143	0.1056	-0.0871	0.0933	0.0096	0.0528	0.0208	-0.02	0.0478	-0.0076	0.0912	-4.323	-39.2274	38.1879
5	1.6017	0.3525	-0.1044	4.4841	0.5754	1.4736	-0.0188	-0.0735	-0.0206	0.1021	0.0489	-0.0613	-0.0303	0.2434	-0.03	0.0141	0.0073	-0.0118	0.093	0.0174	0.0513	-6.2936	-10.6147	35.911
6	2.58	1.1264	0.929	4.5696	-0.9075	1.9794	0.2094	-0.3827	-0.1934	0.6265	-0.3348	0.1614	0.1073	-0.1081	0.1254	0.1465	-0.0284	0.0423	0.1317	0.0057	0.1139	-12.0144	-15.0953	44.9441
7	6.2343	-4.1761	-1.2016	5.5596	0.1786	0.3782	-0.2531	-0.2747	-0.0567	0.2376	0.2076	-0.1141	0.0173	0.0316	0.0454	0.1846	-0.0079	-0.0082	0.1287	-0.0304	0.0323	-0.9057	-29.7468	43.0279
8	10.4833	-2.2533	0.6524	1.0196	-0.6688	6.3289	-0.1163	-0.6109	0.4706	0.2915	0.0745	-0.8596	0.7152	0.9226	0.0418	0.4339	0.176	-0.4311	0.3508	-0.0784	1.2422	18.6982	-44.2322	23.8974
9	1.0412	0.4071	0.5059	2.7386	0.9564	1.9057	-0.0297	0.0028	-0.0565	-0.0832	0.0026	-0.3918	0.2204	0.0718	0.0271	0.0964	0.0048	0.0497	0.0485	0.0051	0.0786	8.7439	-40.9432	15.6026
10	1.3079	-0.3137	-0.0702	1.9608	1.4184	2.7864	0.0636	0.0724	-0.0993	0.0227	-0.0649	0.0557	-0.0553	-0.0219	0.0013	0.1092	-0.0369	0.0338	0.0358	-0.0041	0.0389	-0.9425	-43.7163	-1.4482
11	3.0216	0.4811	-0.3661	2.6489	-0.1714	0.7989	-0.0334	0.049	0.0447	0.0684	0.0506	0.3871	0.2399	0.2371	-0.0172	0.2121	0.0657	0.0218	0.083	0.0104	0.0956	0.8529	-12.7008	-0.3548
12	1.8076	-0.975	0.8073	4.5139	0.3699	1.6991	-0.0061	0.0265	-0.0083	0.1747	0.0168	-0.1249	-0.106	0.0583	-0.0107	0.1233	-0.0296	0.0268	0.0563	0.0018	0.0372	1.6371	-41.1599	1.7696
13	1.8172	0.5993	-0.8034	3.2623	-0.1799	1.2995	0.0227	0.2527	0.0658	-0.0634	-0.0433	0.0446	-0.2213	-0.0716	0.0206	0.1948	-0.0231	-0.0231	0.0893	-0.0039	0.0361	-0.8898	-37.3126	-8.7219
14	5.0918	4.0402	2.439	5.9191	2.3022	1.7644	-0.1892	0.1797	0.0461	-0.1746	0.3089	-0.3086	0.0667	0.1319	-0.1197	0.2614	0.0775	0.0594	0.1288	-0.0201	0.1284	6.8205	-22.4498	-2.9833

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	98 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	145 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	190 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	226 - 253
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	254 - 301
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 23
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	24 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	98 - 144
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	145 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	190 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	226 - 253
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	254 - 296

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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