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Yorodumi- PDB-4dtb: Crystal Structure of F95Y Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase T... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dtb | ||||||
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Title | Crystal Structure of F95Y Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type IVa in Complex with Guanosine | ||||||
Components | APH(2'')-Id | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Aminoglycoside Kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Enterococcus casseliflavus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Shi, K. / Berghuis, A.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Structural Basis for Dual Nucleotide Selectivity of Aminoglycoside 2''-Phosphotransferase IVa Provides Insight on Determinants of Nucleotide Specificity of Aminoglycoside Kinases. Authors: Shi, K. / Berghuis, A.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dtb.cif.gz | 252.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dtb.ent.gz | 205.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dtb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dtb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36512.551 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: F95Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus casseliflavus (bacteria) / Gene: aph(2'')-Id / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O68183 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 100mM HEPES, 150mM potassium nitrate, 17% PEG 3350, 6% 2-propanol, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jan 16, 2012 |
Radiation | Monochromator: Confocal dual reflection mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 35847 / Num. obs: 35596 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 7.3 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 23.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 91.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 12.068 / SU ML: 0.147 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.207 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.676 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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