PDB-3sg9: Crystal Structure of Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sg9

タイトル

Crystal Structure of Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type IVa Kanamycin A Complex

要素

APH(2'')-Id

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Antibiotic resistance enzyme / Transferase / Aminoglycoside / Phosphotransferase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Shi, K. / Houston, D.R. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of Antibiotic-Bound Complexes of Aminoglycoside 2''-Phosphotransferase IVa Highlight the Diversity in Substrate Binding Modes among Aminoglycoside Kinases.
著者: Shi, K. / Houston, D.R. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2011年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月27日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sg9.cif.gz	248.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sg9.ent.gz	202 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sg9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sg8C 3sgcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dt9-2 4dtb-2 4dfu-2 4dt8-2 6cd7-2 4dfb-2 4dfb-1 4dtb-1 6cd7-1 4de4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.903, 101.426, 73.399
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 35769.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物	ChemComp-KAN / KANAMYCIN A / カナマイシン分子量: 484.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆N₄O₁₁ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES, 17% PEG4000, 10% glycerol, 5% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月16日 / 詳細: VariMax HF
放射	モノクロメーター: Confocal dual reflection mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→50 Å / Num. all: 32419 / Num. obs: 32322 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.32
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 3356 / R_sym value: 0.32 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 13.04 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25052	1685	5 %	RANDOM
R_work	0.19537	-	-	-
all	0.19829	31904	-	-
obs	0.19829	31811	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.421 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.25 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4832	0	67	175	5074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	5042
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.871	1.982	6831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.35	5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.321	25.159	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.751	15	884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.163	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.06	1.5	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.88	2	4838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.134	3	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.781	4.5	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	109	-
R_work	0.19	2321	-
obs	-	-	98.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3874	0.009	-0.0551	1.1673	-0.2512	0.2271	-0.036	-0.0271	-0.0152	0.098	0.0345	0.1165	-0.023	0.0051	0.0015	0.0668	0.0023	0.0298	0.0065	0.0054	0.0229	9.9742	18.7675	31.8795
2	0.4057	-0.1271	-0.1296	1.1635	0.0675	0.0666	0.0006	0.0218	-0.002	-0.0951	-0.0017	-0.0644	-0.0036	-0.0437	0.0011	0.0559	0.0046	-0.0289	0.0748	-0.0073	0.0286	16.129	34.9026	1.7652

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 297
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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