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Yorodumi- PDB-7cd0: Crystal structure of the 2-iodoporphobilinogen-bound ES2 intermed... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cd0 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of the 2-iodoporphobilinogen-bound ES2 intermediate form of human hydroxymethylbilane synthase | ||||||||||||
Components | Porphobilinogen deaminase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Porphyrin synthesis | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information hydroxymethylbilane synthase / hydroxymethylbilane synthase activity / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.31 Å | ||||||||||||
Authors | Sato, H. / Sugishima, M. / Wada, K. / Hirabayashi, K. / Tsukaguchi, M. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2021 Title: Crystal structures of hydroxymethylbilane synthase complexed with a substrate analog: a single substrate-binding site for four consecutive condensation steps. Authors: Sato, H. / Sugishima, M. / Tsukaguchi, M. / Masuko, T. / Iijima, M. / Takano, M. / Omata, Y. / Hirabayashi, K. / Wada, K. / Hisaeda, Y. / Yamamoto, K. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7cd0.cif.gz | 298.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7cd0.ent.gz | 215.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7cd0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/7cd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/7cd0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ccxC 7ccyC 7cczC 3ecrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999902136534, 0.00805956958056, -0.0114350641629), (0.00869743554692, 0.998343438805, -0.0568747115119), (0.0109577355846, -0.0569686012891, -0.998315835043)Vector: - ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999902136534, 0.00805956958056, -0.0114350641629), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 39383.012 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HMBS, PBGD, UPS / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P08397, hydroxymethylbilane synthase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-FWL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: PEG 3350, diammonium hydrogen citrate, dithiothreitol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 1.5 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 23, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.31→45.25 Å / Num. obs: 32296 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.61 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 5.48 |
Reflection shell | Resolution: 2.31→2.45 Å / Redundancy: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 9341 / CC1/2: 0.918 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 94.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ECR Resolution: 2.31→45.25 Å / SU ML: 0.3174 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 34.402 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.31→45.25 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.958918539558 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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