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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cd0 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the 2-iodoporphobilinogen-bound ES2 intermediate form of human hydroxymethylbilane synthase | ||||||||||||
要素 | Porphobilinogen deaminaseポルフォビリノーゲンデアミナーゼ | ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Porphyrin synthesis | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ / hydroxymethylbilane synthase activity / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / ヘム / heme biosynthetic process / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sato, H. / Sugishima, M. / Wada, K. / Hirabayashi, K. / Tsukaguchi, M. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021 タイトル: Crystal structures of hydroxymethylbilane synthase complexed with a substrate analog: a single substrate-binding site for four consecutive condensation steps. 著者: Sato, H. / Sugishima, M. / Tsukaguchi, M. / Masuko, T. / Iijima, M. / Takano, M. / Omata, Y. / Hirabayashi, K. / Wada, K. / Hisaeda, Y. / Yamamoto, K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cd0.cif.gz | 298.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cd0.ent.gz | 215.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cd0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/7cd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/7cd0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999902136534, 0.00805956958056, -0.0114350641629), (0.00869743554692, 0.998343438805, -0.0568747115119), (0.0109577355846, -0.0569686012891, -0.998315835043) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999902136534, 0.00805956958056, -0.0114350641629), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39383.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMBS, PBGD, UPS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P08397, ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FWL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: PEG 3350, diammonium hydrogen citrate, dithiothreitol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1.5 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→45.25 Å / Num. obs: 32296 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.61 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 5.48 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.45 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 9341 / CC1/2: 0.918 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 94.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ECR 解像度: 2.31→45.25 Å / SU ML: 0.3174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.402 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→45.25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.958918539558 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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