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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wgb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the fab portion of dupilumab | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Dupilumab / hIL4R | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Druzina, Z. / Atwell, S. / Pustilnik, A. / Antonysamy, S. / Ho, C. / Lieu, R. / Hendle, J. / Benach, J. / Wang, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2020 タイトル: Rapid and robust antibody Fab fragment crystallization utilizing edge-to-edge beta-sheet packing. 著者: Lieu, R. / Antonysamy, S. / Druzina, Z. / Ho, C. / Kang, N.R. / Pustilnik, A. / Wang, J. / Atwell, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wgb.cif.gz | 164.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wgb.ent.gz | 132.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wgb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wgb_validation.pdf.gz | 452.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wgb_full_validation.pdf.gz | 459.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wgb_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wgb_validation.cif.gz | 42.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wgb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 25233.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 24042.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100mM Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350 , 200mM Magnesium Chloride hexahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月17日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.99→67.71 Å / Num. obs: 64075 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 217034 / Scaling rejects: 112 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.2 %
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: self 解像度: 1.99→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 5.779 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.193 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 125.14 Å2 / Biso mean: 32.495 Å2 / Biso min: 10.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.99→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.991→2.042 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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