PDB-6wb5: Microbiome-derived Acarbose Kinase Mak1 as a Complex with Acarbos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wb5

タイトル

Microbiome-derived Acarbose Kinase Mak1 as a Complex with Acarbose and AMP-PNP

要素

Acarbose Kinase Mak1

キーワード

TRANSFERASE / CARBOHYDRATE KINASE / ACARBOSE / NUCLEOTIDE BINDING / ATP BINDING / METAL ION BINDING / RIBOKINASE ACTIVITY / COMPLEX

機能・相同性

alpha-acarbose / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / :

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.102 Å

データ登録者

Jeffrey, P.D. / Balaich, J.N. / Estrella, M.A. / Donia, M.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: The human microbiome encodes resistance to the antidiabetic drug acarbose.
著者: Balaich, J. / Estrella, M. / Wu, G. / Jeffrey, P.D. / Biswas, A. / Zhao, L. / Korennykh, A. / Donia, M.S.

履歴

登録	2020年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wb5.cif.gz	246.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wb5.ent.gz	197 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wb5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/6wb5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/6wb5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wb4SC 6wb7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wb7-1 1rk2-1 3b1q-2 3uvn-d 3b1q-1 2xt0-2 4c4x-d 4kpn-1 5c41-1 1gqt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#138 - 2011年6月
グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (1)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acarbose Kinase Mak1

B: Acarbose Kinase Mak1

ヘテロ分子

70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.551, 86.551, 164.334
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	1 - 402
2	1	1	chain B	B	-6 - 402

#1: タンパク質

Acarbose Kinase Mak1

分子量: 34193.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#2: 多糖

4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ... / alpha-acarbose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP

分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

#4: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.25 M Ammonium Dihydrogen Phosphate, 0.1M Tris-HCl pH 8.3, 10 mM MnCl2, 6 mM AMP-PNP, 50 mM Acarbose

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9201 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→28.33 Å / Num. obs: 12632 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 66.52 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.171 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 181665

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
3.1-3.18	14.1	1.085	12569	893	0.821	0.295	1.126	2.7	97.4
13.87-28.33	13.9	0.041	1945	140	0.999	0.012	0.042	51.6	89.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.21	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6WB4

6wb4

解像度: 3.102→28.33 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2491	688	5.47 %
R_work	0.163	-	-
obs	0.1679	12583	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 282.14 Å² / B_iso mean: 61.6553 Å² / B_iso min: 15.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.102→28.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4556	0	152	0	4708
B_iso mean	-	-	73.97	-	-
残基数	-	-	-	-	605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4830
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.006	6593
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	839
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.379	1717

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2564	X-RAY DIFFRACTION	13.768	TORSIONAL
1	2	B	2564	X-RAY DIFFRACTION	13.768	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.1023-3.3415	0.3354	132	0.2278	2349	99
3.3415-3.6771	0.2963	139	0.1855	2375	100
3.6771-4.2077	0.2513	136	0.1569	2382	100
4.2077-5.2956	0.2159	143	0.1394	2381	100
5.2956-28.33	0.2251	138	0.1556	2408	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0213	-0.0447	-0.009	0.0165	0.0204	0.0068	0.1287	-0.0649	-0.0463	0.0896	0.0221	-0.0155	-0.0011	0.1354	-0	0.3591	-0.0786	0.0182	0.3718	-0.0681	0.3026	18.6125	37.1724	16.9378
2	-0.0042	-0.015	0.0149	0.2045	-0.056	0.1497	0.1106	-0.132	0.056	0.2564	-0.1306	0.3121	0.0809	-0.2229	-0.0279	0.146	0.0738	-0.113	0.2483	0.1593	0.1469	14.5614	29.3867	14.9304
3	0.1468	0.0192	0.1138	0.1076	-0.0658	0.127	-0.0294	0.1785	-0.2769	-0.1271	0.1651	-0.3762	-0.1887	0.0732	0.0802	0.0696	0.1721	-0.2228	0.1328	0.0308	0.3051	24.9331	31.0797	2.5118
4	0.0444	0.0809	0.009	0.1566	-0.0273	0.1138	0.1634	0.0773	-0.0056	-0.0126	-0.0728	-0.0162	-0.283	-0.1755	0	0.2816	0.0651	0.0011	0.3467	-0.0152	0.267	15.1057	45.4815	-0.4838
5	0.002	-0.0391	-0.016	0.0385	-0.0467	0.002	-0.0333	0.0445	-0.0599	-0.1142	0.0582	0.0767	0.0096	0.0799	-0	0.4336	-0.0627	-0.0258	0.548	0.0756	0.3702	21.5263	31.8216	34.8851
6	0.1534	-0.124	-0.1323	0.2212	-0.0607	0.3119	-0.0552	0.0208	0.1119	-0.16	0.2627	0.3649	0.0713	-0.1966	0.2328	0.2322	-0.0081	-0.0581	0.3612	0.1346	0.2913	16.0985	35.4038	46.8988
7	0.0033	0.0116	0.0432	0.09	-0.0529	0.0671	0.1426	-0.0604	-0.0616	-0.1692	-0.0882	-0.0731	-0.2205	0.1583	0	0.3257	-0.0219	0.0991	0.3086	0.0306	0.3261	32.7244	41.0253	56.3256
8	0.024	0.0216	-0.0113	0.0207	0.0164	0.0177	0.2354	-0.1104	-0.1275	-0.194	-0.0215	-0.1436	0.2853	0.2307	0.0002	0.4187	0.1048	-0.0099	0.3409	0.0325	0.2882	32.8366	26.9988	52.6246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 30 )	A	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 101 )	A	31 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 102 through 190 )	A	102 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 191 through 299 )	A	191 - 299
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -6 through 42 )	B	-6 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 43 through 190 )	B	43 - 190
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 191 through 244 )	B	191 - 244
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 245 through 299 )	B	245 - 299

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