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Yorodumi- PDB-6wb4: Microbiome-derived Acarbose Kinase Mak1 Labeled with selenomethionine -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wb4 | ||||||
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Title | Microbiome-derived Acarbose Kinase Mak1 Labeled with selenomethionine | ||||||
Components | Acarbose Kinase Mak1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / CARBOHYDRATE KINASE / ACARBOSE / NUCLEOTIDE BINDING / ATP BINDING / METAL ION BINDING / RIBOKINASE ACTIVITY / COMPLEX | ||||||
Function / homology | alpha-acarbose / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE Function and homology information | ||||||
Biological species | uncultured bacterium (environmental samples) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.593 Å | ||||||
Authors | Jeffrey, P.D. / Balaich, J.N. / Estrella, M.A. / Donia, M.S. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2021 Title: The human microbiome encodes resistance to the antidiabetic drug acarbose. Authors: Balaich, J. / Estrella, M. / Wu, G. / Jeffrey, P.D. / Biswas, A. / Zhao, L. / Korennykh, A. / Donia, M.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wb4.cif.gz | 243.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wb4.ent.gz | 206.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wb4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wb4_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wb4_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 6wb4_validation.xml.gz | 23.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6wb4_validation.cif.gz | 31.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/6wb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/6wb4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 34568.656 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) uncultured bacterium (environmental samples) Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Polysaccharide | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.25 M Ammonium Dihydrogen Phosphate, 0.1M Tris-HCl pH 8.3, 10 mM CaCl2, 6 mM ATP, 50 mM Acarbose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-2 / Wavelength: 0.97932 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 24, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97932 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.59→29.601 Å / Num. obs: 22619 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 63.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 16.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.593→29.6 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / Phase error: 28.7
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 220.98 Å2 / Biso mean: 76.972 Å2 / Biso min: 32.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.593→29.6 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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