PDB-4xck: Vibrio cholerae O395 Ribokinase complexed with ADP, Ribose and Ce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xck

タイトル

Vibrio cholerae O395 Ribokinase complexed with ADP, Ribose and Cesium ion.

要素

Ribokinase

キーワード

TRANSFERASE / kinase / phosphotransfer / sugar binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ribokinase / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Paul, R. / Patra, M.D. / Sen, U.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Adv. Exp. Med. Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Apo and Ligand Bound Vibrio cholerae Ribokinase (Vc-RK): Role of Monovalent Cation Induced Activation and Structural Flexibility in Sugar Phosphorylation.
著者: Paul, R. / Patra, M.D. / Sen, U.

履歴

登録	2014年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / reflns_shell Item: _chem_comp.type / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xck.cif.gz	458.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xck.ent.gz	376.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xck.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xck_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xck_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	4xck_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	4xck_validation.cif.gz	66.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xck	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x8fC 4xdaC 1rk2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xda-1 3i3y-1 6wk0-2 4xda-2 1tz6-d 1v1a-d 2c49-d 4y7d-d 2fi3-4 1tyy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribokinase

B: Ribokinase

C: Ribokinase

D: Ribokinase

ヘテロ分子

133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribokinase

B: Ribokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ribokinase

D: Ribokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.304, 69.553, 78.316
Angle α, β, γ (deg.)	106.99, 98.77, 96.46
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Ribokinase

分子量: 32392.740 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: rbsK, VC0395_0007, VC395_A0124 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: A5F1B7, UniProt: A0A0H2UL04*PLUS, ribokinase

#2: 糖

ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose / α-D-リボフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₅

#3: 化合物

ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP

分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

#4: 化合物

ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン

分子量: 132.905 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.53 % / 解説: rectangular parallelepiped.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 6000, 0.1M MES BUFFER, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→30 Å / Num. obs: 47045 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.37→2.41 Å / 冗長度: 2.11 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RK2

1rk2

解像度: 2.37→26.643 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2507	2243	5.05 %	Random selection
R_work	0.1882	-	-	-
obs	0.1914	44384	93.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→26.643 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9000	0	159	248	9407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	9370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.278	12772
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.145	3403
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.125	1527
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-2.4215	0.3128	125	0.2721	2605	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4215-2.4778	0.3289	140	0.2573	2673	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4778-2.5397	0.3349	149	0.2536	2592	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5397-2.6084	0.3337	139	0.2354	2633	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6084-2.685	0.2988	143	0.2349	2647	X-RAY DIFFRACTION	94
2.685-2.7716	0.3461	127	0.2284	2648	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7716-2.8706	0.3064	153	0.225	2610	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8706-2.9854	0.2895	130	0.2127	2644	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9854-3.121	0.2827	132	0.2142	2681	X-RAY DIFFRACTION	94
3.121-3.2853	0.2824	148	0.2084	2643	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2853-3.4907	0.296	148	0.1976	2603	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4907-3.7595	0.2374	145	0.1792	2630	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7595-4.1366	0.2219	137	0.1591	2614	X-RAY DIFFRACTION	93
4.1366-4.7323	0.1883	147	0.1384	2617	X-RAY DIFFRACTION	94
4.7323-5.9512	0.209	136	0.1649	2665	X-RAY DIFFRACTION	94
5.9512-26.6449	0.2035	144	0.1599	2636	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0882	0.37	-0.2038	0.9315	0.5523	0.4732	0.0155	-0.0286	0.0596	0.0015	0.0206	-0.0229	-0.0214	0.0191	-0.0363	0.2881	-0.0102	-0.0072	0.3606	0.0092	0.3062	-22.1218	-25.9491	6.6821
2	1.305	-0.0629	-0.0249	0.9131	-0.1313	1.0609	-0.0134	0.2922	-0.0096	-0.1138	0.0011	0.0971	0.0429	-0.1999	0.0136	0.2811	-0.0258	-0.013	0.4127	-0.0005	0.2938	-39.1421	-33.3949	0.7729
3	2.0478	1.2464	-0.7882	2.5607	0.5108	1.1137	-0.0263	0.3178	-0.0274	-0.0058	0.2057	0.018	0.0655	0.0619	-0.1593	0.2745	0.0064	-0.021	0.3293	0.0471	0.2815	-5.1803	-10.8679	1.3517
4	1.3061	0.1944	-0.3777	0.947	-0.1502	1.3001	0.0019	0.0612	0.1594	0.0632	0.0712	0.0461	-0.1677	0.0058	-0.0386	0.3405	-0.0012	0.0066	0.3128	0.0114	0.3158	-2.2052	-0.5089	8.847
5	1.579	-0.2069	-0.5522	0.9787	-0.114	2.1534	0.0173	0.6466	0.3181	0.0522	0.1262	0.2071	-0.6434	-0.361	-0.0954	0.5377	0.0765	0.0126	0.5456	0.143	0.4571	-3.1982	11.6389	-8.9767
6	1.1256	0.214	-0.5611	0.8045	-0.2405	1.3181	0.0144	0.2313	0.0817	-0.1253	0.0186	0.0211	-0.1172	-0.1508	-0.0166	0.3341	-0.0084	0.0079	0.4316	0.025	0.3143	8.1981	-2.9821	-8.2822
7	1.9146	0.8751	-0.1025	0.4093	0.0702	1.5814	0.0392	-0.0033	0.0184	-0.0695	-0.0201	-0.0503	-0.1145	-0.001	0.0149	0.3871	0.0405	0.0563	0.3306	0.0497	0.3738	-5.4497	-35.3328	-29.8039
8	1.1636	0.7889	-0.0582	1.0392	-0.1075	0.9533	-0.1779	0.0302	-0.2653	-0.0971	0.096	-0.0731	0.1634	0.097	0.0532	0.3885	0.0078	0.0585	0.3288	0.0108	0.3919	-4.4908	-45.5084	-33.4316
9	1.8223	0.6997	-0.2652	1.4028	-0.5369	1.4746	-0.1085	0.3608	-0.0173	-0.2337	0.1005	0.2765	0.0675	-0.5636	0.0528	0.4646	-0.0125	-0.0413	0.4915	0.0065	0.586	-25.9696	-42.9031	-33.3021
10	1.9607	0.1486	-0.5488	0.9846	-0.421	1.1266	-0.031	-0.0755	-0.0591	0.0055	-0.1332	0.2846	-0.1495	-0.1971	0.0366	0.5175	-0.0006	0.1107	0.56	-0.0609	0.4949	-22.7077	-40.5545	-19.398
11	0.8293	0.0566	-0.3331	0.7426	-0.1719	1.1656	-0.1016	-0.0366	-0.1853	0.0405	0.0254	0.0319	-0.0111	0.0394	0.0708	0.4229	0.0435	0.0749	0.3378	0.0201	0.4319	-12.4571	-46.4974	-16.7344
12	0.5705	0.7985	-0.2661	1.2685	-0.1074	1.0346	-0.085	-0.0973	-0.0287	-0.0613	-0.0174	-0.003	0.0696	0.015	0.0974	0.3522	0.0147	-0.0015	0.3461	0.0032	0.3391	12.6371	-18.8552	-34.4439
13	0.7604	-0.2818	-0.3773	0.6162	-0.2613	1.5421	0.0584	0.0482	0.0285	0.0252	0.0109	0.0219	-0.1102	0.0493	-0.05	0.283	-0.027	0.001	0.3255	-0.0057	0.3104	12.8999	-0.301	-40.5293

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 122 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 123 through 306 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1 through 50 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 51 through 171 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 172 through 220 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 221 through 306 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 27 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 28 through 162 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 163 through 220 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 221 through 249 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 250 through 306 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 131 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 132 through 306 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)