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Yorodumi- PDB-4xda: Vibrio cholerae O395 Ribokinase complexed with Ribose, ADP and So... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xda | |||||||||
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Title | Vibrio cholerae O395 Ribokinase complexed with Ribose, ADP and Sodium ion. | |||||||||
Components | Ribokinase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / ribokinase / ribose / kinase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information ribokinase / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Vibrio cholerae serotype O1 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.75 Å | |||||||||
Authors | Paul, R. / Patra, M.D. / Sen, U. | |||||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: Adv.Exp.Med.Biol. / Year: 2015 Title: Crystal Structure of Apo and Ligand Bound Vibrio cholerae Ribokinase (Vc-RK): Role of Monovalent Cation Induced Activation and Structural Flexibility in Sugar Phosphorylation Authors: Paul, R. / Patra, M.D. / Sen, U. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2014 Title: Crystallization and preliminary X-ray analysis of a ribokinase from Vibrio cholerae O395. Authors: Paul, R. / Patra, M.D. / Banerjee, R. / Sen, U. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xda.cif.gz | 478.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xda.ent.gz | 390.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xda.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/4xda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/4xda | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32392.740 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (bacteria) Strain: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / Gene: rbsK, VC0395_0007, VC395_A0124 / Plasmid: pET-28 A(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 -DE3 References: UniProt: A5F1B7, UniProt: A0A0H2UL04*PLUS, ribokinase #2: Sugar | #3: Chemical | ChemComp-ADP / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.51 % Description: rectangular parallelepiped, THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: PEG 6000, MES buffer 0.1mM was used as precipitant. Crystal grown in 7 days. PH range: 6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: 1 degree oscillation |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.973 Å |
Detector | Type: MAR CCD 130 mm / Detector: CCD / Date: Feb 12, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.973 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→27.42 Å / Num. obs: 117286 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 4 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 8.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.84 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.75→27.42 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 25.34 / Stereochemistry target values: ML Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→27.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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