PDB-2rbc: Crystal structure of a putative ribokinase from Agrobacterium tum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rbc

タイトル

Crystal structure of a putative ribokinase from Agrobacterium tumefaciens

要素

Sugar kinase

キーワード

TRANSFERASE / sugar kinase / ribokinase family / ATP-binding site / structural genomics / Agrobacterium tumefaciens / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

kinase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Xu, X. / Zheng, H. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of a putative ribokinase from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Zheng, H. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rbc.cif.gz	89.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rbc.ent.gz	63.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rbc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/2rbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/2rbc	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3in1-2 5c3y-1 6wjz-d 3nca-d 4c0e-1 5bye-d 4rni-d 6wb4-d 3nc2-d 6ils-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6153

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sugar kinase

ヘテロ分子

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sugar kinase

ヘテロ分子

A: Sugar kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.024, 81.024, 139.799
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-327- CL

詳細

Authors state that the biological unit of this protein is unknown, and that probably it is a dimer shown in remark 350.

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Sugar kinase / AGR_C_4560p 分子量: 37365.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: RbsK, AGR_C_4560, Atu2509 / プラスミド: Modified p11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8UCH8, UniProt: A9CHQ7*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

#1: タンパク質

Sugar kinase / AGR_C_4560p

分子量: 37365.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: RbsK, AGR_C_4560, Atu2509 / プラスミド: Modified p11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8UCH8, UniProt: A9CHQ7*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

-
非ポリマー , 5種, 412分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 1.5M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97873, 0.97886

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月20日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97873	1
2	0.97886	1

Reflection

冗長度: 13.2 % / Av σ(I) over netI: 9.9 / 数: 492007 / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.36 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 37345 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.68	50	98.2	1	0.052	2.933	11.8
3.72	4.68	100	1	0.047	1.82	12.9
3.25	3.72	100	1	0.054	1.742	13.5
2.95	3.25	100	1	0.059	1.329	14
2.74	2.95	100	1	0.071	1.245	14.2
2.58	2.74	100	1	0.08	1.144	14.4
2.45	2.58	100	1	0.095	1.077	14.5
2.34	2.45	100	1	0.109	0.995	14.5
2.25	2.34	100	1	0.164	1.256	14.4
2.17	2.25	100	1	0.18	1.794	14.4
2.11	2.17	100	1	0.176	0.919	14.7
2.05	2.11	99.9	1	0.203	0.929	14.6
1.99	2.05	100	1	0.244	0.918	11.8
1.94	1.99	99.8	1	0.386	0.936	9.5
1.9	1.94	97.9	1	0.25	1.302	8.5

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 69844 / Num. obs: 69844 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 30.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 0.993 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 4637 / Χ²: 1.308 / % possible all: 98.4

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.362 / FOM acentric: 0.388 / FOM centric: 0.183 / 反射: 35714 / Reflection acentric: 31138 / Reflection centric: 4576

Phasing MAD set

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	2.1	1	0.1	0.1	0	0	31138	4576
2	0.97	0.93	8.8	12.4	0.32	0.28	31042	4551

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	12.01-50	1.57	1	0.4	0.2	0	0	82	84
1	6.82-12.01	1.48	1	0.4	0.3	0	0	491	241
1	4.76-6.82	1.79	1	0.4	0.2	0	0	1261	377
1	3.66-4.76	1.21	1	0.3	0.2	0	0	2404	532
1	2.97-3.66	1.47	1	0.2	0.1	0	0	3886	649
1	2.5-2.97	2.43	1	0.1	0.1	0	0	5673	804
1	2.16-2.5	3.86	1	0.1	0	0	0	7180	840
1	1.9-2.16	13.21	1	0.1	0	0	0	10161	1049
2	12.01-50	0.87	0.77	11.1	14.1	0.97	0.66	80	84
2	6.82-12.01	0.85	0.82	10	12.5	0.9	0.63	487	237
2	4.76-6.82	0.91	0.84	9.8	13.4	0.76	0.54	1260	377
2	3.66-4.76	0.95	0.9	11	15.6	0.52	0.34	2403	530
2	2.97-3.66	0.96	0.93	9.2	13.6	0.45	0.29	3883	648
2	2.5-2.97	0.97	0.94	7.5	10.1	0.38	0.28	5667	803
2	2.16-2.5	0.99	0.99	8.4	11.1	0.24	0.17	7144	834
2	1.9-2.16	1	1	9	12.2	0.14	0.1	10118	1038

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	38.51506	-0.875	-0.645	-0.074	0
2	Se	36.64563	-0.862	-0.665	-0.18	0
3	Se	39.58156	-1.119	-0.574	-0.079	0
4	Se	34.83258	-0.849	-0.552	-0.158	0
5	Se	58.77821	-0.825	-0.61	-0.12	0
6	Se	39.0239	-1.064	-0.753	-0.132	0
7	Se	39.12199	-0.914	-0.528	-0.205	0
8	Se	59.43863	-0.962	-0.898	-0.149	0
9	Se	66.28204	-1.203	-0.697	-0.251	0
10	Se	42.91651	-0.875	-0.645	-0.074	-0.054
11	Se	37.70619	-0.861	-0.665	-0.18	-0.044
12	Se	42.29323	-1.119	-0.574	-0.079	-0.054
13	Se	37.93235	-0.849	-0.552	-0.158	-0.046
14	Se	65.09966	-0.825	-0.609	-0.12	-0.056
15	Se	42.81662	-1.064	-0.753	-0.132	-0.047
16	Se	46.25343	-0.914	-0.528	-0.205	-0.025
17	Se	61.77279	-0.963	-0.899	-0.149	-0.027
18	Se	69.5309	-1.203	-0.697	-0.251	-0.026

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.01-50	0.524	0.678	0.375	166	82	84
6.82-12.01	0.589	0.704	0.354	732	491	241
4.76-6.82	0.606	0.682	0.353	1638	1261	377
3.66-4.76	0.541	0.601	0.273	2936	2404	532
2.97-3.66	0.529	0.577	0.24	4535	3886	649
2.5-2.97	0.463	0.502	0.184	6477	5673	804
2.16-2.5	0.315	0.34	0.106	8020	7180	840
1.9-2.16	0.169	0.182	0.045	11210	10161	1049

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 35714

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.25-100	47.9	0.831	505
6.44-8.25	36.8	0.923	562
5.46-6.44	42.9	0.906	652
4.82-5.46	45.1	0.924	747
4.37-4.82	44	0.933	820
4.02-4.37	46.5	0.929	883
3.75-4.02	46.5	0.91	952
3.52-3.75	46.8	0.925	995
3.33-3.52	47.2	0.895	1069
3.17-3.33	51.2	0.888	1112
3.03-3.17	50.3	0.886	1172
2.91-3.03	48.9	0.898	1211
2.8-2.91	47.7	0.887	1244
2.7-2.8	51	0.888	1291
2.61-2.7	50.5	0.891	1339
2.53-2.61	53.2	0.88	1372
2.46-2.53	51.9	0.874	1404
2.39-2.46	55.1	0.868	1460
2.33-2.39	56.9	0.844	1463
2.27-2.33	58.2	0.836	1181
2.22-2.27	64	0.852	1573
2.17-2.22	63	0.817	1234
2.12-2.17	62.2	0.832	1595
2.08-2.12	66.6	0.832	1681
2.04-2.08	69.6	0.832	1746
2-2.04	69.5	0.823	1764
1.96-2	74.4	0.749	1672
1.9-1.96	77.1	0.613	3015

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→32.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 6.809 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.129
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: The Bijvoet differences were used in phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	1802	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
all	0.19	35713	-	-
obs	0.19	35713	95.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.905 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2295	0	52	400	2747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.49	1.978	3379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.944	3	4015
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.106	5	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.518	23.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.603	15	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.459	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.193	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.127	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.304	1.5	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.231	1.5	643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.327	2	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.678	3	979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.575	4.5	838

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.407	131	-
R_work	0.362	2417	-
all	-	2548	-
obs	-	-	93.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.4041 Å / Origin y: 0.1285 Å / Origin z: 19.7446 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0755 Å²	0.0051 Å²	0.0019 Å²	-	-0.0828 Å²	0.0248 Å²	-	-	-0.0735 Å²
L	0.952 °²	0.3421 °²	-0.3958 °²	-	0.6633 °²	-0.3053 °²	-	-	1.5371 °²
S	0.0458 Å °	-0.0107 Å °	0.0536 Å °	0.0214 Å °	0.008 Å °	0.0279 Å °	0.0215 Å °	-0.0294 Å °	-0.0538 Å °

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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