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万見
- PDB-4rni: PaMorA dimeric phosphodiesterase. apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rni
タイトルPaMorA dimeric phosphodiesterase. apo form
要素Motility regulator
キーワードHYDROLASE / EAL domain / Phosphodiesterase / c-di-GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / PAS fold-3 / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase ...EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / PAS fold-3 / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Nucleotide cyclase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Motility regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Phippen, C.W. / Tews, I.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Formation and dimerization of the phosphodiesterase active site of the Pseudomonas aeruginosa MorA, a bi-functional c-di-GMP regulator.
著者: Phippen, C.W. / Mikolajek, H. / Schlaefli, H.G. / Keevil, C.W. / Webb, J.S. / Tews, I.
履歴
登録2014年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Motility regulator
B: Motility regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4552
ポリマ－63,4552
非ポリマー00
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.754, 94.466, 154.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
詳細Active diguanylate cyclase

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要素

#1: タンパク質 Motility regulator


分子量: 31727.320 Da / 分子数: 2 / 断片: EAL domain, UNP residues 1145-1409 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PA01 / 遺伝子: morA, PA4601 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9HVI8, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis Tris, 25% PEG 3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 詳細: fixed monochromator 22m
放射モノクロメーター: fixed monochromator 22m / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→80.62 Å / Num. all: 28887 / Num. obs: 28802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 36.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2106 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.594
最高解像度最低解像度
Rotation29.4 Å2.39 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータスケーリング
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→80.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.2166 / WRfactor Rwork: 0.1665 / FOM work R set: 0.8294 / SU B: 5.819 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.2581 / SU Rfree: 0.2081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2377 2000 6.9 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.1851 28802 99.7 %-
all-28887 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.77 Å2 / Biso mean: 36.872 Å2 / Biso min: 15.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å20 Å2
2--1.67 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→80.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3961 0 0 206 4167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.9795466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8639029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4165505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.23323.757189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.4415698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1971534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1913.292026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1853.2872025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4944.9172529
LS精密化 シェル解像度: 2.166→2.222 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 142 -
Rwork0.25 1899 -
all-2041 -
obs--96.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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