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- PDB-3in1: Crystal structure of a putative Ribokinase in complex with ADP fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3in1
タイトルCrystal structure of a putative Ribokinase in complex with ADP from E.coli
要素Uncharacterized sugar kinase ydjH
キーワードTRANSFERASE / RIBOKINASE / PFKB FAMILY / SUGAR KINASE YDJH / ADP NYSGXRC / 11206A / PSI2 / Kinase / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate kinase activity / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / DNA damage response / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized sugar kinase YdjH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLREP / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative Ribokinase in complex with ADP from E.coli
著者: Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2009年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized sugar kinase ydjH
B: Uncharacterized sugar kinase ydjH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3006
ポリマ－71,3992
非ポリマー9004
水3,513195
1
A: Uncharacterized sugar kinase ydjH
ヘテロ分子

B: Uncharacterized sugar kinase ydjH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3006
ポリマ－71,3992
非ポリマー9004
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y+1/2,-z+1/21
Buried area4980 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized sugar kinase ydjH
ヘテロ分子

A: Uncharacterized sugar kinase ydjH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3006
ポリマ－71,3992
非ポリマー9004
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_745-x+2,y-1/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)75.577, 88.301, 116.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized sugar kinase ydjH


分子量: 35699.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TOP10 Invitrogen / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: strain K12 / 遺伝子: b1772, JW5289, ydjH, ydjH/B1772/JW5289 / プラスミド: pSGX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL
参照: UniProt: P77493, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化温度: 292 K / pH: 5.6
詳細: 0.2M AMMONIUM ACETATE, 30% PEG 4K, SODIUM CITRATE 5.6PH, 10% ISOPROPANOL, 10MM ADP sodium salt, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MOLECULAR REPLACEMENT / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 43219 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.615 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLREP
開始モデル: PDB ENTRY 3H49

3h49


解像度: 2.15→40.29 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1642 -RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 40897 94.7 %-
all-40897 --
原子変位パラメータBiso mean: 33.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.15 Å20 Å20 Å2
2---1.366 Å20 Å2
3----3.784 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4736 0 56 195 4987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4751.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.6762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.9312.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 272 -
Rwork0.271 --
obs--86.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4ADP.par.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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