PDB-6v2h: Crystal structure of CDYL2 in complex with H3tK27me3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v2h

タイトル

Crystal structure of CDYL2 in complex with H3tK27me3

要素

Chromodomain Y-like protein 2
H3tK27me3

キーワード

GENE REGULATION / histone / chromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Chromatin modifying enzymes / : / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) ...Chromatin modifying enzymes / : / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Dong, C. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Binding Selectivity of Human CDY Chromodomains.
著者: Dong, C. / Liu, Y. / Lyu, T.J. / Beldar, S. / Lamb, K.N. / Tempel, W. / Li, Y. / Li, Z. / James, L.I. / Qin, S. / Wang, Y. / Min, J.

履歴

登録	2019年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / refine / software Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _refine.pdbx_starting_model
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn / struct_conn_type Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v2h.cif.gz	189.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v2h.ent.gz	151.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mj8C 6v2dC 6v2rC 6v2sC 6v3nC 6v41SC 6v8wC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1tuc-d 2mh2-d 3pf4-1 3gbq-d 3rdv-4 5e5y-2 3zow-13 4kyp-3 6d08-2 5e5t-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (3) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (14) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (2)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (3)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (2)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (3)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
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サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chromodomain Y-like protein 2

B: H3tK27me3

C: Chromodomain Y-like protein 2

D: H3tK27me3

E: Chromodomain Y-like protein 2

F: H3tK27me3

G: Chromodomain Y-like protein 2

H: H3tK27me3

I: Chromodomain Y-like protein 2

J: H3tK27me3

K: Chromodomain Y-like protein 2

L: H3tK27me3

ヘテロ分子

52.7 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Chromodomain Y-like protein 2

B: H3tK27me3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
8.78 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Chromodomain Y-like protein 2

D: H3tK27me3

ヘテロ分子

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8.78 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Chromodomain Y-like protein 2

F: H3tK27me3

ヘテロ分子

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8.78 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Chromodomain Y-like protein 2

H: H3tK27me3

ヘテロ分子

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8.78 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Chromodomain Y-like protein 2

J: H3tK27me3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.78 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Chromodomain Y-like protein 2

L: H3tK27me3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.78 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	210.750, 210.750, 67.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	4 - 58	4 - 58
2	1	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	4 - 58	4 - 58
1	2	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	4 - 58	4 - 58
2	2	GLY	GLY	LEU	LEU	E	E	4 - 58	4 - 58
1	3	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	4 - 58	4 - 58
2	3	GLY	GLY	LEU	LEU	G	G	4 - 58	4 - 58
1	4	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	4 - 58	4 - 58
2	4	GLY	GLY	LEU	LEU	I	I	4 - 58	4 - 58
1	5	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	4 - 58	4 - 58
2	5	GLY	GLY	LEU	LEU	K	K	4 - 58	4 - 58
1	6	GLY	GLY	MET	MET	C	C	1 - 60	1 - 60
2	6	GLY	GLY	MET	MET	E	E	1 - 60	1 - 60
1	7	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	1 - 58	1 - 58
2	7	GLY	GLY	LEU	LEU	G	G	1 - 58	1 - 58
1	8	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	1 - 58	1 - 58
2	8	GLY	GLY	LEU	LEU	I	I	1 - 58	1 - 58
1	9	SER	SER	HIS	HIS	C	C	3 - 59	3 - 59
2	9	SER	SER	HIS	HIS	K	K	3 - 59	3 - 59
1	10	GLY	GLY	LEU	LEU	E	E	1 - 58	1 - 58
2	10	GLY	GLY	LEU	LEU	G	G	1 - 58	1 - 58
1	11	GLY	GLY	LEU	LEU	E	E	1 - 58	1 - 58
2	11	GLY	GLY	LEU	LEU	I	I	1 - 58	1 - 58
1	12	SER	SER	HIS	HIS	E	E	3 - 59	3 - 59
2	12	SER	SER	HIS	HIS	K	K	3 - 59	3 - 59
1	13	GLY	GLY	HIS	HIS	G	G	1 - 59	1 - 59
2	13	GLY	GLY	HIS	HIS	I	I	1 - 59	1 - 59
1	14	SER	SER	LEU	LEU	G	G	3 - 58	3 - 58
2	14	SER	SER	LEU	LEU	K	K	3 - 58	3 - 58
1	15	SER	SER	LEU	LEU	I	I	3 - 58	3 - 58
2	15	SER	SER	LEU	LEU	K	K	3 - 58	3 - 58

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Chromodomain Y-like protein 2 / CDY-like 2 / CDYL2 分子量: 7451.329 Da / 分子数: 6 / 断片: Chromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDYL2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8N8U2
#2: タンパク質・ペプチド	H3tK27me3 分子量: 1269.536 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 23% PEG3350, 0.25 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M sodium cacodylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97957 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97957 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→63.06 Å / Num. obs: 34195 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 200420

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.6-2.67	5.9	0.997	14724	2515	0.658	0.452	1.095	1.9	100
11.63-63.06	5.6	0.052	2090	374	0.996	0.024	0.057	41.7	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: an early version of PDB entry 6V41 (CDY1 in complex with a histone peptide)

6v41

解像度: 2.6→63.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 17.759 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.204
詳細: We interpreted strong electron density peaks at the CDYL2 N-termini as octahedrally coordinated nickel, based on our use of nickel ions during affinity chromatography. Coordination bond ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2366	2234	6.5 %
R_work	0.2173	-	-
obs	0.2185	31961	99.97 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.65 Å² / B_iso mean: 58.187 Å² / B_iso min: 25.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	-0.3 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→63.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3322	0	35	0	3357
B_iso mean	-	-	46.08	-	-
残基数	-	-	-	-	408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.937	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3	7026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.394	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.67	23.556	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.703	15	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.522	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	830

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3462	0.04
1	2	C	3462	0.04
2	1	A	3404	0.06
2	2	E	3404	0.06
3	1	A	3494	0.02
3	2	G	3494	0.02
4	1	A	3406	0.04
4	2	I	3406	0.04
5	1	A	3470	0.04
5	2	K	3470	0.04
6	1	C	3652	0.04
6	2	E	3652	0.04
7	1	C	3558	0.05
7	2	G	3558	0.05
8	1	C	3572	0.02
8	2	I	3572	0.02
9	1	C	3494	0.06
9	2	K	3494	0.06
10	1	E	3492	0.06
10	2	G	3492	0.06
11	1	E	3536	0.03
11	2	I	3536	0.03
12	1	E	3430	0.06
12	2	K	3430	0.06
13	1	G	3534	0.05
13	2	I	3534	0.05
14	1	G	3510	0.04
14	2	K	3510	0.04
15	1	I	3432	0.05
15	2	K	3432	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	162	-
R_work	0.34	2349	-
all	-	2511	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7977	0.6055	1.0753	7.2676	-0.9155	2.9767	0.0888	-0.2789	0.0439	0.3712	-0.0627	-0.8726	-0.07	0.5655	-0.0261	0.2308	-0.148	0.0436	0.3314	0.0288	0.2898	59.3261	80.6126	42.3178
2	3.3736	0.8555	1.0201	8.7148	1.2271	3.5055	0.0004	-0.1107	0.0486	0.5688	0.1411	0.0785	-0.197	-0.2147	-0.1415	0.1655	-0.0847	0.0533	0.2616	0.0058	0.2152	51.4779	78.2841	44.774
3	5.3721	0.7801	2.0723	3.9092	-2.6091	6.1759	0.0985	-0.0091	-0.2119	-0.1268	-0.2692	-0.4672	0.3676	0.3571	0.1707	0.2654	-0.184	0.1897	0.3046	0.0084	0.5155	67.2128	93.2401	27.0242
4	7.2493	0.2729	2.3564	4.6633	2.3692	3.753	0.3626	0.6171	0.0311	0.1329	-0.1332	-0.1191	0.4802	0.0815	-0.2293	0.2737	-0.1115	0.1164	0.3381	0.0955	0.2945	72.0517	97.1697	20.7846
5	6.1954	1.7775	-1.5475	2.694	1.8209	4.0891	0.0305	0.2232	0.1716	-0.1203	0.1318	0.1049	-0.2044	-0.0707	-0.1623	0.1017	-0.0026	0.0009	0.0839	0.0136	0.03	35.3069	67.5872	42.8763
6	3.2234	4.2447	-0.1355	5.8271	-1.4976	8.645	0.024	-0.0168	0.3495	0.2237	-0.1677	0.3995	-1.1084	0.1431	0.1437	0.1732	-0.0557	0.0078	0.3554	0.0864	0.1067	41.5824	74.0861	42.8903
7	2.5275	1.3007	1.2568	6.282	1.8683	8.5286	-0.0207	0.1783	0.297	-0.3316	0.1254	0.239	-0.2105	-0.1884	-0.1047	0.1665	-0.0522	-0.0202	0.1123	0.0523	0.0729	35.2372	77.5439	16.4557
8	7.0232	0.4481	-0.0063	9.4062	-1.8325	3.7155	-0.0749	-0.2647	0.5941	0.2638	0.2123	0.577	-0.3318	-0.421	-0.1373	0.2501	-0.0268	0.0113	0.126	-0.0604	0.1451	34.0265	83.8386	21.429
9	5.626	1.1238	1.6038	6.4363	2.9462	3.2384	0.057	-0.3696	0.6578	0.2102	0.0929	0.2434	-0.5047	-0.0311	-0.1499	0.2839	-0.052	0.1075	0.1362	-0.1162	0.4093	42.841	99.7115	29.7278
10	6.7789	-2.2708	1.6514	8.4254	-1.1037	5.7714	-0.0029	-0.753	0.0933	0.4058	0.2829	0.3854	-0.0952	-0.3911	-0.28	0.2766	-0.0644	0.0179	0.1463	-0.0882	0.2737	39.2482	92.0801	27.7084
11	7.5768	-2.8013	-0.2263	5.6328	1.3169	5.2655	-0.1199	0.1106	-0.0882	-0.0793	-0.0661	-0.3505	-0.1199	0.302	0.1859	0.5117	-0.0695	0.0165	0.1366	-0.2019	0.6116	54.8601	116.0433	36.4605
12	4.555	0.1557	-0.1266	0.1913	0.151	13.6205	-0.233	0.2179	0.3759	-0.1819	0.0651	0.0597	-0.266	0.2401	0.1678	0.4535	0.0258	-0.0278	0.125	-0.0943	0.4063	53.4835	124.3654	38.2994

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	21 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	21 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	21 - 29
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 101
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	21 - 30
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	21 - 29
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 101
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	21 - 29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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