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- PDB-6v2r: Crystal Structure of chromodomain of CBX7 mutant V13A in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v2r
タイトルCrystal Structure of chromodomain of CBX7 mutant V13A in complex with inhibitor UNC3866
要素
  • Chromobox protein homolog 7
  • UNC3866
キーワードGENE REGULATION / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex / PcG protein complex / chromatin organization / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromobox protein homolog 7 / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...Chromobox protein homolog 7 / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UNC3866 / Chromobox protein homolog 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Liu, Y. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Stuckey, J.I. / Dickson, B.M. / James, L.I. / Frye, S.V. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Liu, Y. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Stuckey, J.I. / Dickson, B.M. / James, L.I. / Frye, S.V. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Binding Selectivity of Human CDY Chromodomains.
著者: Dong, C. / Liu, Y. / Lyu, T.J. / Beldar, S. / Lamb, K.N. / Tempel, W. / Li, Y. / Li, Z. / James, L.I. / Qin, S. / Wang, Y. / Min, J.
履歴
登録2019年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 7
B: UNC3866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,09819
ポリマ－7,5842
非ポリマー1,51517
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.193, 40.193, 83.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw

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要素

#1: タンパク質 Chromobox protein homolog 7 / CBX7


分子量: 6788.799 Da / 分子数: 1 / 断片: Chromodomain / 変異: V13A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX7 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O95931
#2: タンパク質・ペプチド UNC3866


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 795.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UNC3866
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 89.093 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris propane, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→23.46 Å / Num. obs: 10074 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 15.94 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allNet I/σ(I) obs
8.62-23.4696.68.30.0268810.02892.9
1.57-1.610012.60.5484840.9430.5725

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: isomorphous to PDB entry 5EPJ

5epj


解像度: 1.6→23.46 Å / SU ML: 0.1378 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.6482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 682 7.14 %
Rwork0.1928 8868 -
obs0.1957 9550 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数502 0 17 54 573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2733712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087772
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.010287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6598197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.720.22371520.17391704X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.90.20311420.17841718X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.170.20761240.17991747X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.730.25331180.20351798X-RAY DIFFRACTION99.95
2.74-23.460.24781460.1981901X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.63298593417-1.56767583889-0.09102481221836.237739607740.104279168983.39143299830.083461029470.256589509587-0.175260399488-0.254008894767-0.139830704748-0.314789034510.0533408901615-0.06168343047570.02656758031260.131311801196-0.01663911227850.01237179807710.145432359021-0.009031085381030.10294005438819.821844253529.73177534543.1045876558
22.64591539652-1.71287096125-1.416378339242.880537357311.193318567672.473228063760.04038961765220.106903486276-0.0521708073228-0.112693548204-0.1250610248350.170937179658-0.00579109404938-0.149697679920.08624580851640.1292453556640.0207961105592-0.001629752694950.1373029835740.001559539845790.13035819388314.216086414133.72544846830.77423805067
32.49988804385-0.175257934571.439344415512.86968069474-0.8117792913933.934864437370.18980666747-0.3092154529370.03815382442890.293994074349-0.03913790703170.264512333967-0.174246350578-0.478743684059-0.1405864906740.1358252252250.001037266236290.0396348974930.136488325062-0.002844935895970.13351539718412.344818648430.53689427147.4525250802
46.12943628554-1.045684646751.123989863895.04894343384-0.6370457724575.83937101734-0.1782778437950.02554298504570.8868976537970.222547617921-0.129459370721-0.0918761354904-0.674031681285-0.001073276975160.2442843020750.191143625778-0.0233003360043-0.03603336529050.16297631172-0.005216477906860.23260300568619.937231301840.313789302211.0597008247
59.922537312587.85321531933-2.728994037257.09325111444-2.865157968586.60891160029-0.106290076639-0.0434574502425-0.2566066958560.05402579790760.02696621936210.1405312898860.123705762748-0.05448258755280.06821555903210.103256325467-0.0099377511325-0.01366050996990.1077743701170.006879830638970.18936401390115.183640691825.04312207516.63967330236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 50 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 51 through 62 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 4 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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