+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rdv | ||||||
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Title | Structure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Cytoskeletal protein / CAP GLY protein complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information microtubule nucleation / microtubule plus-end binding / microtubule bundle formation / Signaling by LTK in cancer / intermediate filament / RHO GTPases activate IQGAPs / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytoplasmic microtubule organization / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...microtubule nucleation / microtubule plus-end binding / microtubule bundle formation / Signaling by LTK in cancer / intermediate filament / RHO GTPases activate IQGAPs / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytoplasmic microtubule organization / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / positive regulation of microtubule polymerization / ruffle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / tubulin binding / RHO GTPases Activate Formins / cytoplasmic vesicle membrane / kinetochore / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / cell cortex / microtubule binding / microtubule / centrosome / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Manatschal, C. / Olieric, V. / Steinmetz, M.O. | ||||||
Citation | Journal: J.Cell Biol. / Year: 2011 Title: SLAIN2 links microtubule plus end-tracking proteins and controls microtubule growth in interphase Authors: van der Vaart, B. / Manatschal, C. / Grigoriev, I. / Olieric, V. / Gouveia, S.M. / Bjelic, S. / Demmers, J. / Vorobjev, I. / Hoogenraad, C.C. / Steinmetz, M.O. / Akhmanova, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rdv.cif.gz | 144.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rdv.ent.gz | 114.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rdv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/3rdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/3rdv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2e3iS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 8050.129 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: CAP-Gly 1 domain, residues 56-127 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CLIP-170 / Plasmid: pDEST17-OI / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: P30622 #2: Protein/peptide | Mass: 974.027 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: C-terminal domain, residues 574-581 / Source method: obtained synthetically / Details: polypeptide synthesis / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q9P270 #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Chemical | ChemComp-BME / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.5 Details: 36% PEG 6000, 100mM citric acid, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 10, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→45.54 Å / Num. obs: 28615 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.172 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2E3I Resolution: 1.75→45.536 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.22 / σ(F): 2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.339 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.93 Å2 / Biso mean: 22.7384 Å2 / Biso min: 5.56 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→45.536 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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