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- PDB-3i9h: Crystal structure of a betagamma-crystallin domain from Clostridi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i9h
タイトルCrystal structure of a betagamma-crystallin domain from Clostridium beijerinckii
要素Beta and gamma crystallin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calcium-bound betagamma-crystallin
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-1,3-glucanase, N-terminal, subdomain 2 / Beta-1,3-glucanase, N-terminal / Glucan endo-1,3-beta-glucosidase / Beta-1,3-glucanase / Glycosyl hydrolases family 64 (GH64) domain profile. / : / Carbohydrate binding module family 56 / CBM56 (carbohydrate binding type-56) domain profile. / Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 ...Beta-1,3-glucanase, N-terminal, subdomain 2 / Beta-1,3-glucanase, N-terminal / Glucan endo-1,3-beta-glucosidase / Beta-1,3-glucanase / Glycosyl hydrolases family 64 (GH64) domain profile. / : / Carbohydrate binding module family 56 / CBM56 (carbohydrate binding type-56) domain profile. / Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta and gamma crystallin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium beijerinckii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Aravind, P. / Sankaranarayanan, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: betagamma-Crystallin superfamily contains a universal motif for binding calcium.
著者: Aravind, P. / Mishra, A. / Suman, S.K. / Jobby, M.K. / Sankaranarayanan, R. / Sharma, Y.
履歴
登録2009年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta and gamma crystallin
B: Beta and gamma crystallin
C: Beta and gamma crystallin
D: Beta and gamma crystallin
E: Beta and gamma crystallin
F: Beta and gamma crystallin
G: Beta and gamma crystallin
H: Beta and gamma crystallin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,19124
ポリマ－78,5508
非ポリマー64116
水14,880826
1
A: Beta and gamma crystallin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8993
ポリマ－9,8191
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta and gamma crystallin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8993
ポリマ－9,8191
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta and gamma crystallin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8993
ポリマ－9,8191
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta and gamma crystallin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8993
ポリマ－9,8191
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Beta and gamma crystallin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8993
ポリマ－9,8191
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Beta and gamma crystallin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8993
ポリマ－9,8191
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Beta and gamma crystallin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8993
ポリマ－9,8191
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Beta and gamma crystallin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8993
ポリマ－9,8191
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.500, 103.710, 105.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Beta and gamma crystallin


分子量: 9818.711 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 119-206 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (バクテリア)
株: NCIMB 8052 / 遺伝子: 5294019 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6LX94
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 826 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 % / Mosaicity: 0.79 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 26% PEG3350, 0.1M HEPES, 0.2M Li2SO4, pH7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 49951 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 0.773 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.074.20.36547240.58795.4
2.07-2.154.50.27748440.60496.7
2.15-2.254.50.23548480.61996.9
2.25-2.374.70.19949180.65298.5
2.37-2.524.90.16750130.64999.8
2.52-2.715.10.13250250.684100
2.71-2.995.20.10150470.83100
2.99-3.425.20.06750710.845100
3.42-4.35.20.04751231.041100
4.3-2550.03753381.06199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NPS

1nps


解像度: 2→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 2547 5 %
Rwork0.206 --
obs-49895 98.6 %
溶媒の処理Bsol: 48.117 Å2
原子変位パラメータBiso max: 58.27 Å2 / Biso mean: 26.65 Å2 / Biso min: 11.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å20 Å2
2---0.086 Å20 Å2
3---0.916 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5495 0 16 826 6337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.112
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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