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万見
- PDB-4gbq: SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE GRB2 N-TERMINAL SH3 DOMAIN COMPLEXE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gbq
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF THE GRB2 N-TERMINAL SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH A TEN-RESIDUE PEPTIDE DERIVED FROM SOS DIRECT REFINEMENT AGAINST NOES, J-COUPLINGS, AND 1H AND 13C CHEMICAL SHIFTS, 15 STRUCTURES
要素
  • GRB2
  • SOS-1
キーワードCOMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION/PEPTIDE) / COMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION-PEPTIDE) / SH3 DOMAIN / COMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / MET activates PI3K/AKT signaling ...Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / MET activates PI3K/AKT signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / Co-inhibition by BTLA / SHC-related events triggered by IGF1R / Signal regulatory protein family interactions / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / SOS-mediated signalling / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / MET activates PTPN11 / Signaling by LTK / FRS-mediated FGFR1 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / vitellogenesis / PI3K events in ERBB2 signaling / Tie2 Signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / midbrain morphogenesis / CD28 dependent Vav1 pathway / Interleukin-15 signaling / MET activates RAS signaling / FLT3 Signaling / regulation of pro-B cell differentiation / MET activates RAP1 and RAC1 / Signaling by CSF3 (G-CSF) / MET receptor recycling / NCAM signaling for neurite out-growth / Erythropoietin activates RAS / Regulation of KIT signaling / GAB1 signalosome / PI3K Cascade / RHOU GTPase cycle / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / lymphocyte homeostasis / anatomical structure formation involved in morphogenesis / Downstream signal transduction / Insulin receptor signalling cascade / FCERI mediated MAPK activation / NRAGE signals death through JNK / Signal attenuation / Signaling by SCF-KIT / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / cardiac atrium morphogenesis / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / pericardium morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / Negative regulation of MET activity / guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / EGFR downregulation / RAC1 GTPase cycle / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Grb2-EGFR complex / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Interleukin receptor SHC signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (12/13) signalling events / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / RAF/MAP kinase cascade / heart trabecula morphogenesis / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RET signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of T cell differentiation in thymus / Clathrin-mediated endocytosis / neurotrophin TRKA receptor binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / COP9 signalosome / GTPase complex / blood vessel morphogenesis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / B cell homeostasis / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of actin filament polymerization / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / DAP12 signaling / vesicle membrane / natural killer cell mediated cytotoxicity / roof of mouth development / epidermal growth factor receptor binding / regulation of T cell proliferation / eyelid development in camera-type eye
類似検索 - 分子機能
GRB2, N-terminal SH3 domain / GRB2, C-terminal SH3 domain / Grb2-like / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. ...GRB2, N-terminal SH3 domain / GRB2, C-terminal SH3 domain / Grb2-like / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / SH3 Domains / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH3 type barrels. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth factor receptor-bound protein 2 / Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / DG, SA
データ登録者Wittekind, M. / Mapelli, C. / Lee, V. / Goldfarb, V. / Friedrichs, M.S. / Meyers, C.A. / Mueller, L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the Grb2 N-terminal SH3 domain complexed with a ten-residue peptide derived from SOS: direct refinement against NOEs, J-couplings and 1H and 13C chemical shifts.
著者: Wittekind, M. / Mapelli, C. / Lee, V. / Goldfarb, V. / Friedrichs, M.S. / Meyers, C.A. / Mueller, L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Orientation of Peptide Fragments from SOS Proteins Bound to the N-Terminal SH3 Domain of Grb2 Determined by NMR Spectroscopy
著者: Wittekind, M. / Mapelli, C. / Farmer II, B.T. / Suen, K.L. / Goldfarb, V. / Tsao, J. / Lavoie, T. / Barbacid, M. / Meyers, C.A. / Mueller, L.
#2: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1993
タイトル: Molecular Cloning of the Mouse Grb2 Gene: Differential Interaction of the Grb2 Adaptor Protein with Epidermal Growth Factor and Nerve Growth Factor Receptors
著者: Suen, K.L. / Bustelo, X.R. / Pawson, T. / Barbacid, M.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Identification of Murine Homologues of the Drosophila Son of Sevenless Gene: Potential Activators of Ras
著者: Bowtell, D. / Fu, P. / Simon, M. / Senior, P.
履歴
登録1996年12月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRB2
B: SOS-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6522
ポリマ－9,6522
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 GRB2


分子量: 8454.495 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL SH3 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC / 遺伝子: POTENTIAL / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q60631
#2: タンパク質・ペプチド SOS-1 / AC-VPPPVPPRRR-NH2


分子量: 1197.478 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1135 - 1144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 参照: UniProt: Q62245
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: SEE JOURNAL ARTICLE

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試料調製

試料状態pH: 6 / 温度: 298. K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DG, SA / ソフトェア番号: 1
詳細: TWO ENSEMBLES WERE CALCULATED. BOTH USED THE SAME SET OF NOE/ANGLE/J-COUPLING RESTRAINTS, BUT THEY DIFFER IN THAT THE ENSEMBLE ALSO OF THIS ENTRY AND ENTRY 4GBQ INCLUDED 1H AND 13C CHEMICAL ...詳細: TWO ENSEMBLES WERE CALCULATED. BOTH USED THE SAME SET OF NOE/ANGLE/J-COUPLING RESTRAINTS, BUT THEY DIFFER IN THAT THE ENSEMBLE ALSO OF THIS ENTRY AND ENTRY 4GBQ INCLUDED 1H AND 13C CHEMICAL SHIFTS AS RESTRAINTS RMSD BOND DISTANCES 0.011 +/- 0.002 ANGSTROMS RMSD BOND ANGLE 2.90 +/- 0.19 DEGREES BACKBONE RMSD (N, CA, C, O) = 0.26 +/- 0.09 (SH3 DOMAIN RESIDUES 1 - 26, 36 - 54 AND SOS-E PEPTIDE RESIDUES 2 - 7)
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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