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- PDB-6v2s: Crystal Structure of chromodomain of MPP8 in complex with inhibit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v2s | ||||||
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Title | Crystal Structure of chromodomain of MPP8 in complex with inhibitor UNC3866 | ||||||
![]() |
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![]() | GENE REGULATION / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin / histone reader activity / methylated histone binding / nucleosome / chromatin binding / nucleolus ...positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin / histone reader activity / methylated histone binding / nucleosome / chromatin binding / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, Y. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for the Binding Selectivity of Human CDY Chromodomains. Authors: Dong, C. / Liu, Y. / Lyu, T.J. / Beldar, S. / Lamb, K.N. / Tempel, W. / Li, Y. / Li, Z. / James, L.I. / Qin, S. / Wang, Y. / Min, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 87.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 54.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2mj8C ![]() 6v2dC ![]() 6v2hC ![]() 6v2rC ![]() 6v3nC ![]() 6v41C ![]() 6v8wC ![]() 3r93S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 7344.350 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: chromodomain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | #3: Chemical | ChemComp-UNX / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 47.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 30% PEG 4K, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris hydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN A200 / Detector: CCD / Date: Apr 29, 2014 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.57→24.59 Å / Num. obs: 20834 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.65 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 28.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3r93 Resolution: 1.6→24.12 Å / SU ML: 0.1946 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / Phase error: 23.9606
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→24.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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