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- PDB-6log: Crystal structure of human CCL5-12AAA14 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6log
タイトルCrystal structure of human CCL5-12AAA14 mutant
要素C-C motif chemokine 5
キーワードCYTOKINE / CCL5 / RANTES / chemokine / dimer / CCL5 mutant / sulfate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity ...regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / neutrophil activation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / negative regulation of T cell apoptotic process / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell apoptotic process / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of innate immune response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / chemokine activity / regulation of T cell activation / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / phospholipase activator activity / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of smooth muscle cell migration / Interleukin-10 signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / exocytosis / monocyte chemotaxis / positive regulation of translational initiation / cellular response to interleukin-1 / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of T cell migration / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of cell adhesion / regulation of insulin secretion / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to virus / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / calcium ion transport / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Chen, Y.C. / Li, J.Y. / Huang, C.H. / Sue, S.C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2113-M-007-003 台湾
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: N-terminal Backbone Pairing Shifts in CCL5- 12 AAA 14 Dimer Interface: Structural Significance of the FAY Sequence.
著者: Li, J.Y. / Chen, Y.C. / Lee, Y.Z. / Huang, C.H. / Sue, S.C.
履歴
登録2020年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8251
ポリマ－7,8251
非ポリマー00
水1267
1
A: C-C motif chemokine 5

A: C-C motif chemokine 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6502
ポリマ－15,6502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area1150 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.329, 48.329, 60.401
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

HOH

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要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 5 / EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific ...EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific protein P228 / TCP228 / T-cell-specific protein RANTES


分子量: 7825.015 Da / 分子数: 1 / 変異: F12A, Y14A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL5, D17S136E, SCYA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13501
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.2M Magnesium acetate tetrahydrate pH 7.9, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→30 Å / Num. obs: 3262 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.954 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 315 / CC1/2: 0.816 / Rpim(I) all: 0.367 / Rrim(I) all: 0.861

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EQT

1eqt


解像度: 2.55→18.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 26.109 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.276
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 103 3.6 %RANDOM
Rwork0.2141 ---
obs0.2153 2749 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.36 Å2 / Biso mean: 83.06 Å2 / Biso min: 50.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å20.6 Å20 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----3.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→18.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数501 0 0 7 508
Biso mean---82 -
残基数----63
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.013515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2281.673700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2911.5781110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.139562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1312027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.4251587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.716155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02112
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.613 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 8 -
Rwork0.323 180 -
obs--98.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.2831-0.2747-1.06536.1230.1555.95560.055-0.45130.56110.13650.0485-0.3424-0.90870.4898-0.10350.2074-0.0626-0.03220.0544-0.03350.06643.53814.649.127
24.95213.8149-1.03572.941-0.82390.5345-0.2375-0.3810.1002-0.1713-0.27350.0342-0.1184-0.09750.5110.50870.2505-0.25170.1758-0.29010.87891.19611.579.416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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