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万見
- PDB-1eqt: MET-RANTES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eqt
タイトルMET-RANTES
要素T-CELL SPECIFIC RANTES PROTEIN
キーワードCYTOKINE / CHEMOATTRACTANT / RANTES
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity ...regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / neutrophil activation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / negative regulation of T cell apoptotic process / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell apoptotic process / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of innate immune response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / chemokine activity / regulation of T cell activation / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / phospholipase activator activity / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of smooth muscle cell migration / Interleukin-10 signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / exocytosis / monocyte chemotaxis / positive regulation of translational initiation / cellular response to interleukin-1 / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of T cell migration / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of cell adhesion / regulation of insulin secretion / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to virus / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / calcium ion transport / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hoover, D.M. / Shaw, J. / Gryczynski, Z. / Proudfoot, A.E.I. / Wells, T.
引用
ジャーナル: PROTEIN PEPT.LETT. / 年: 2000
タイトル: The Crystal Structure of MET-RANTES: Comparison with Native RANTES and AOP-RANTES
著者: Hoover, D.M. / Shaw, J. / Gryczynski, Z. / Proudfoot, A.E.I. / Wells, T.
#1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1999
タイトル: Total Chemical Synthesis and High-resolution Crystal Structure of the Potent anti-HIV Protein AOP-RANTES
著者: Wilken, J. / Hoover, D. / Thompson, D.A. / Barlow, P.N. / McSparron, H. / Picard, L. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J. / Kent, S.B.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Extension of Recombinant Human RANTES by the Retention of the Initiating Methionine Produces a Potent Antagonist
著者: Proudfoot, A.E. / Power, C.A. / Hoogewerf, A.J. / Montjovent, M.O. / Borlat, F. / Offord, R.E. / Wells, T.N.
履歴
登録2000年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-CELL SPECIFIC RANTES PROTEIN
B: T-CELL SPECIFIC RANTES PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9604
ポリマ－15,7682
非ポリマー1922
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.019, 56.809, 93.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is likely a dimer constructed of both chain A and B.

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要素

#1: タンパク質 T-CELL SPECIFIC RANTES PROTEIN / SMALL INDUCIBLE CYTOKINE A5


分子量: 7884.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13501
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細INITIATING MET RETAINED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 35000, ammonium sulfate, sodium succinate, MES, sodium acetate, ethanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: other / 詳細: Wilken, J., (1999) Chem.Biol., 6, 43.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMsodium acetate11
215 mg/mlprotein11
30.1 Mammonium sulfate11
4225 mMsodium succinate11
5275 mMMES11
615 %ethanol11
70.1 Mammonium sulfate12
8225 mMsodium succinate12
9275 mMMES12
1015 %ethanol12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 44155 / Num. obs: 17136 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1650 / % possible all: 96
反射
*PLUS
Num. measured all: 44155

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RANTES (NMR MODEL 1RTN)

1rtn


解像度: 1.6→20 Å / Num. parameters: 513 / Num. restraintsaints: 451 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2513 1655 10 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
all0.178 17136 --
obs0.178 16548 84.2 %-
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1281
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1084 0 10 187 1281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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