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- PDB-2q8r: Structural and Functional Characterization of CC Chemokine CCL14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q8r
タイトルStructural and Functional Characterization of CC Chemokine CCL14
要素CCL14
キーワードCYTOKINE / common CC chemokine fold
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / chemokine activity / cell chemotaxis / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of cell migration / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Blain, K.Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural and Functional Characterization of CC Chemokine CCL14
著者: Blain, K.Y. / Kwiatkowski, W. / Zhao, Q. / La Fleur, D. / Naik, C. / Chun, T.-W. / Tsareva, T. / Kanakaraj, P. / Laird, M.W. / Shah, R. / George, L. / Sanyal, I. / Moore, P.A. / Demeler, B. / Choe, S.
履歴
登録2007年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE AUTHORS STATE THAT THE MONOMER AND THE DIMER SEEM TO BE BIOLOGICALLY RELEVANT, AND THE CONVERSION BETWEEN THE TWO APPEARS TO BE IMPORTANT. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: CCL14
F: CCL14
G: CCL14
H: CCL14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2474
ポリマ－31,2474
非ポリマー00
水6,575365
1
E: CCL14
H: CCL14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6242
ポリマ－15,6242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
手法PISA
2
F: CCL14
G: CCL14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6242
ポリマ－15,6242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.139, 57.553, 85.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer. There are four monomers presented monomers E, F, G, and H.

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要素

#1: タンパク質
CCL14 / Small inducible cytokine A14 / Chemokine CC-1/CC-3 / HCC-1/HCC-3 / HCC-1(1-74) / NCC-2


分子量: 7811.840 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 28-93 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16627
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 20% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 25453 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.938 / Net I/σ(I): 35.32
反射 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / Num. unique all: 2414 / Χ2: 0.813 / % possible all: 96.3

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.92 Å
Translation2.5 Å46.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Q8T

2q8t


解像度: 1.82→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 3.195 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1293 5.1 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 25406 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.096 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2102 0 0 365 2467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.942950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6645251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.73823.333102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20715367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8271512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21458
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.420.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0281.51309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47422108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.31231007
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6034.5842
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.868 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 76 -
Rwork0.184 1759 -
obs-1835 99.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3514-0.5502-0.89081.66140.47681.7201-0.07380.0212-0.19780.03960.01040.20790.1308-0.1080.0633-0.0382-0.01090.0072-0.05010.0057-0.0030.5841-4.1688-2.5694
21.2721-0.1567-1.39320.43810.0282.2935-0.0005-0.0371-0.0077-0.0074-0.0088-0.0068-0.03940.1790.0093-0.0149-0.00130.0031-0.0231-0.0139-0.031919.3873-1.2307-18.4181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1F2 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2G2 - 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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