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- PDB-6ts2: Truncated version of Chaetomium thermophilum UDP-Glucose Glucosyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ts2
タイトルTruncated version of Chaetomium thermophilum UDP-Glucose Glucosyl Transferase (UGGT) lacking domain TRXL2 (417-650).
要素UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
キーワードPROTEIN BINDING / Endoplasmic Reticulum / Glycoprotein Folding / ERQC / UGGT / truncation / deletion / thioredoxin-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / ERAD pathway / unfolded protein binding / endoplasmic reticulum lumen / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain ...UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain / Glucosyltransferase 24 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.74 Å
データ登録者Roversi, P. / Zitzmann, N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust204801/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust106272/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust214090/Z/18/Z 英国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Clamping, bending, and twisting inter-domain motions in the misfold-recognizing portion of UDP-glucose: Glycoprotein glucosyltransferase.
著者: Modenutti, C.P. / Blanco Capurro, J.I. / Ibba, R. / Alonzi, D.S. / Song, M.N. / Vasiljevic, S. / Kumar, A. / Chandran, A.V. / Tax, G. / Marti, L. / Hill, J.C. / Lia, A. / Hensen, M. / ...著者: Modenutti, C.P. / Blanco Capurro, J.I. / Ibba, R. / Alonzi, D.S. / Song, M.N. / Vasiljevic, S. / Kumar, A. / Chandran, A.V. / Tax, G. / Marti, L. / Hill, J.C. / Lia, A. / Hensen, M. / Waksman, T. / Rushton, J. / Rubichi, S. / Santino, A. / Marti, M.A. / Zitzmann, N. / Roversi, P.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Clamping, bending, and twisting inter-domain motions in the misfold-recognising portion of UDP-glucose:glycoprotein glucosyl-transferase
著者: Roversi, P. / Zitzmann, N.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年1月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title / _citation.year
改定 2.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
B: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
C: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
D: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)575,33024
ポリマ－569,6834
非ポリマー5,64720
水00
1
A: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,0356
ポリマ－142,4211
非ポリマー1,6155
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,7116
ポリマ－142,4211
非ポリマー1,2905
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,8736
ポリマ－142,4211
非ポリマー1,4525
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,7116
ポリマ－142,4211
非ポリマー1,2905
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.145, 191.014, 158.807
Angle α, β, γ (deg.)90, 117.7, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量: 142420.688 Da / 分子数: 4
変異: Deletion of CtUGGT TRXL2 domain i.e. residues CtUGGT 417-650
由来タイプ: 組換発現
詳細: Deletion of CtUGGT TRXL2 domain i.e. residues CtUGGT 417-650.,Deletion of CtUGGT TRXL2 domain i.e. residues CtUGGT 417-650.
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0048990 / プラスミド: pHLsec / Cell (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G0SB58
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
糖 , 4種, 16分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.85 / 詳細: 0.1M Sodium citrate pH 5.5, 20% w/v PEG 3,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.74→140.609 Å / Num. obs: 17344 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 5.74→6.152 Å / Rmerge(I) obs: 1.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 817 / CC1/2: 0.467 / Rpim(I) all: 0.636 / Rrim(I) all: 1.569

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5nv4

5nv4


解像度: 5.74→140.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.768 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.706 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 2.162
詳細: The final model was refined in autoBUSTER with one set of TLS thermal motion tensors per domain and non-crystallographic symmetry and external restraints to the PDB ID 5NV4 structure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 829 -RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.1778 17344 74.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 133.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.3581 Å20 Å21.6844 Å2
2--7.6558 Å20 Å2
3----0.2977 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.74→140.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35718 0 361 0 36079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00936972HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0750147HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12933SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6228HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it36556HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4813SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact28011SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.7
LS精密化 シェル解像度: 5.725→6.03 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3268 13 -
Rwork0.2164 --
obs--12.8 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16-3.90862.99448.31551.18333.10060.21460.1799-0.37510.17990.2017-0.0203-0.3751-0.0203-0.41630.18170.02760.0945-0.22840.1711-0.317938.654314.187240.4087
24.785-3.72811.93973.1190.95240.7177-0.120.0515-0.08330.05150.2769-0.7349-0.0833-0.7349-0.1569-0.3402-0.0356-0.0830.044-0.19040.1435-0.41411.811536.4616
33.815-1.1744-2.3392.40112.67063.5107-0.1529-0.29370.5798-0.29370.0927-0.33360.5798-0.33360.0601-0.0069-0.15750.0222-0.2450.089-0.362632.9283-23.868723.1118
43.33992.35982.1740.68260.90843.2427-0.1289-0.34690.0415-0.34690.1220.2580.04150.2580.00680.0405-0.2052-0.00360.11510.0639-0.323754.416-10.572819.6144
52.7402-1.28651.71293.3421-3.81035.7269-0.03190.1833-0.70840.1833-0.0173-0.6467-0.7084-0.64670.04910.11250.17160.0688-0.18440.0001-0.012230.938414.17129.3087
62.64990.1437-0.32522.87050.84471.39890.2822-0.234-0.1709-0.234-0.33670.1346-0.17090.13460.0545-0.24320.0710.18390.03990.1917-0.127653.81061.2245-8.3246
70.28223.07232.43576.90770.40932.4802-0.2688-0.180.0125-0.18-0.08740.40670.01250.40670.3563-0.083-0.2052-0.312-0.13240.06390.08325.191550.992213.5891
83.82772.9738-0.30324.4520.341.6233-0.1707-0.15330.1767-0.1533-0.3123-0.22450.1767-0.22450.4829-0.13870.00850.00270.026-0.1672-0.245913.620966.583350.404
96.67822.5757-2.32152.2323-1.93482.8094-0.1518-0.25220.4358-0.2522-0.18140.0550.43580.0550.3332-0.05090.1763-0.2559-0.304-0.0791-0.067142.105187.744725.9824
101.5311.53821.50152.2135-0.61821.98030.2205-0.0908-0.1954-0.0908-0.2972-0.2601-0.1954-0.26010.07670.32530.00470.1113-0.101-0.1692-0.197452.963873.01778.0106
115.61551.6740.19120-2.40829.26070.0953-0.1290.5972-0.1290.298-0.50980.5972-0.5098-0.3933-0.2863-0.2052-0.0636-0.25270.06390.166149.848548.585533.9337
123.34050.98171.16370-2.33151.526-0.0579-0.60010.3818-0.6001-0.1290.12320.38180.12320.1868-0.13160.1370.2148-0.1024-0.0997-0.058676.681558.865420.5072
136.40173.9298-1.68072.882-1.22371.649-0.2344-0.4582-0.7683-0.45820.1598-0.4072-0.7683-0.40720.07460.3722-0.2052-0.11620.17430.06390.1632-14.966320.158-20.5221
145.04911.4319-2.78881.73141.80596.2873-0.16890.30190.07470.30190.54420.44950.07470.4495-0.37530.1004-0.1018-0.0463-0.304-0.1331-0.20510.7096-10.4229-8.152
156.3264-0.5758-0.852902.16713.3845-0.41310.40810.53150.40810.2371-0.59110.5315-0.59110.176-0.1161-0.1718-0.24420.3040.0002-0.0552-29.2186-6.51919.305
161.7158-2.1074-1.28732.7713-2.24692.71210.2755-0.3034-0.6854-0.3034-0.54420.2288-0.68540.22880.26880.27550.06390.0110.26120.20520.3234-39.47916.6725.7122
174.9832.06051.16055.29592.336110.4531-0.03670.3851-0.65880.38510.18140.7349-0.65880.7349-0.14470.4291-0.2052-0.0863-0.24680.06390.1789-5.721426.23688.758
185.8041-1.87661.27778.31552.301910.3497-0.24520.2288-0.76830.22880.1814-0.7349-0.7683-0.73490.06380.3660.2052-0.0428-0.1049-0.06390.2419-30.21934.535527.9944
194.897-3.92982.78463.1331.22371.5742-0.1225-0.23280.6167-0.23280.0298-0.73490.6167-0.73490.09270.02970.20520.19310.0483-0.06390.013653.091742.665591.3893
205.8119-0.8851-2.10330.7560.28074.8976-0.3308-0.17150.1307-0.1715-0.14710.49570.13070.49570.478-0.0414-0.1993-0.0249-0.25160.067-0.2457.982872.09759.8568
214.40110.0105-1.32960-1.0732.6650.0702-0.48410.4381-0.4841-0.1674-0.17850.4381-0.17850.0972-0.07440.02020.0281-0.3040.0006-0.066725.467474.651387.7295
220.479-2.14181.61691.39660.12725.3196-0.2234-0.12660.5046-0.12660.2447-0.01670.5046-0.0167-0.02140.0609-0.0490.3273-0.20710.0934-0.060919.844353.0802100.3259
235.56411.22372.20160.71853.92984.28860.0295-0.10620.655-0.1062-0.18140.71870.6550.71870.15190.1663-0.00160.0273-0.304-0.17250.188230.627638.864770.0446
241.95472.0631.11322.85640.65035.84060.04040.29120.67780.29120.212-0.4910.6778-0.491-0.25240.0365-0.20520.1617-0.3040.06390.18271.152936.996483.0943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|45 - A|224 A|1603 - A|1605 A|1802 - A|1803 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|662 - A|880 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|243 - A|413 A|881 - A|950 A|1607 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|28 - A|44 A|225 - A|242 A|951 - A|1037 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|1038 - A|1152 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|1197 - A|1473 A|1606 A|1801 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|45 - B|224 B|1603 - B|1605 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|655 - B|880 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|243 - B|413 B|881 - B|950 B|1607 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|28 - B|44 B|225 - B|242 B|951 - B|1037 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|1038 - B|1154 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|1197 - B|1473 B|1606 B|1801 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ C|45 - C|224 C|1603 - C|1605 C|1803 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ C|662 - C|880 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ C|243 - C|413 C|881 - C|950 C|1607 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ C|28 - C|44 C|225 - C|242 C|951 - C|1037 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ C|1038 - C|1149 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ C|1197 - C|1473 C|1606 C|1801 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ D|45 - D|224 D|1603 - D|1605 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ D|653 - D|880 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ D|243 - D|413 D|881 - D|950 D|1607 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ D|28 - D|44 D|225 - D|242 D|951 - D|1037 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ D|1038 - D|1150 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ D|1197 - D|1473 D|1606 D|1801 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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