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- PDB-5mzo: UDP-Glucose Glycoprotein Glucosyltransferase from Chaetomium ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mzo
タイトルUDP-Glucose Glycoprotein Glucosyltransferase from Chaetomium thermophilum (open conformation)
要素UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
キーワードTRANSFERASE / glycoprotein / misfolding / endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / ERAD pathway / unfolded protein binding / endoplasmic reticulum lumen / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain ...UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain / Glucosyltransferase 24 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Roversi, P. / Caputo, A.T. / Hill, J. / Alonzi, D.S. / Zitzmann, N.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust097300/Z/11/Z 英国
Wellcome Trust106272/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Interdomain conformational flexibility underpins the activity of UGGT, the eukaryotic glycoprotein secretion checkpoint.
著者: Roversi, P. / Marti, L. / Caputo, A.T. / Alonzi, D.S. / Hill, J.C. / Dent, K.C. / Kumar, A. / Levasseur, M.D. / Lia, A. / Waksman, T. / Basu, S. / Soto Albrecht, Y. / Qian, K. / McIvor, J.P. ...著者: Roversi, P. / Marti, L. / Caputo, A.T. / Alonzi, D.S. / Hill, J.C. / Dent, K.C. / Kumar, A. / Levasseur, M.D. / Lia, A. / Waksman, T. / Basu, S. / Soto Albrecht, Y. / Qian, K. / McIvor, J.P. / Lipp, C.B. / Siliqi, D. / Vasiljevic, S. / Mohammed, S. / Lukacik, P. / Walsh, M.A. / Santino, A. / Zitzmann, N.
履歴
登録2017年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,2089
ポリマ－169,6381
非ポリマー2,5698
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint31 kcal/mol
Surface area62260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.570, 163.570, 248.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量: 169638.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0048990 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G0SB58

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糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 15分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 24 mM Morpheus alchools mix, 20 mM Morpheus buffer system 3 pH 8.5, 2.5% v/v MPD, 2.5% w/v PEG 1000, 2.5% w/v PEG 3350, 1.6 mM CaCl2 and 50 uM UDP-glucose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.48→124.29 Å / Num. obs: 25652 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 103.86 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Rpim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.26 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.48→3.68 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 3.18 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3643 / CC1/2: 0.49 / Rpim(I) all: 1.29 / Rsym value: 3.33 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化開始モデル: 5MU1

5mu1


解像度: 3.48→102 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.638
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1281 5.05 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.252 25379 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 171.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.2068 Å20 Å20 Å2
2---24.2068 Å20 Å2
3---48.4137 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.71 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.48→102 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11035 0 168 12 11215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00911497HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2115612HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4043SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes289HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1643HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11497HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1493SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13077SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.48→3.62 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3062 118 5 %
Rwork0.2529 2241 -
all0.2555 2359 -
obs--82.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3571-1.18070.21026.70990.09161.9607-0.0870.1543-0.41860.0447-0.0872-0.0271-0.0806-0.3090.1742-0.1399-0.1962-0.2004-0.11660.05980.1534-6.1814-75.0713-10.2122
23.6324-0.5211-0.28651.3634-2.87884.57310.01890.1669-0.1137-0.05030.11480.15040.320.286-0.13380.06930.17120.05560.22260.2076-0.299117.9996-61.107852.9955
30.76531.2399-0.86165.6164-3.85547.11670.1415-0.0169-0.3398-0.0177-0.09820.0630.36820.1957-0.04330.32310.1101-0.0916-0.1349-0.144-0.3023-10.1261-75.423330.5522
42.15250.25840.09844.537-0.67431.26440.1514-0.30610.14490.10640.00120.0373-0.2083-0.0082-0.15260.28070.06810.1719-0.1490.0062-0.2359-7.6465-37.76868.3004
54.36140.8770.56241.93510.99382.30840.12950.04460.2484-0.0588-0.0356-0.0055-0.2512-0.08-0.09390.2145-0.00960.0248-0.12540.1879-0.24424.2953-39.4711-14.9801
61.20362.18292.52234.7075-1.90441.21720.0528-0.2236-0.21420.13240.0275-0.0930.01920.2485-0.08030.0334-0.1603-0.1996-0.00290.0602-0.026919.5366-65.72875.6323
73.24111.36970.192.236-0.75246.97720.2961-0.1109-0.1117-0.0498-0.1527-0.0716-0.27720.3104-0.1434-0.0204-0.3392-0.15860.0204-0.0131-0.30433.5292-42.5153-10.6573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|39 - A|225 A|2056 - A|2060}
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|414 - A|666 A|1638 - A|1644}
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|667 - A|880 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|279 - A|413 A|881 - A|950 A|2329 - A|2334 A|1894 - A|1898 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|27 - A|38 A|226 - A|245 A|951 - A|1037 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|1038 - A|1152 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|1191 - A|1476 A|2227 - A|2233 A|9000 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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