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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6qtl | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Caffeine recognizing nanobody | ||||||
Components | (VHH) x 2 | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / design nanoboy | ||||||
| Function / homology | CAFFEINE Function and homology information | ||||||
| Biological species | Camelidae (mammal) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Lesne, J. / Guichou, J.F. / Labesse, G. / Cohen-Gonsaud, M. | ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Structural basis for chemically-induced homodimerization of a single domain antibody Authors: Lesne, J.x. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6qtl.cif.gz | 386 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6qtl.ent.gz | 319.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6qtl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6qtl_validation.pdf.gz | 489.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6qtl_full_validation.pdf.gz | 503.6 KB | Display | |
| Data in XML | 6qtl_validation.xml.gz | 43.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6qtl_validation.cif.gz | 60.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/6qtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/6qtl | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3qskS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
| ||||||||
| 3 | ![]()
| ||||||||
| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 13022.530 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Camelidae (mammal) / Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 13109.608 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Camelidae (mammal) / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-CFF / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.35 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2M MgCl2, NaAc pH 5.5 100mM, PEG 2k 25% |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.9677 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 19, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9677 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2→58.4 Å / Num. obs: 54239 / % possible obs: 91 % / Redundancy: 9.055 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 10.47 / Num. measured all: 491122 / Scaling rejects: 1756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
|---|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3QSK Resolution: 2.25→58.4 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / Phase error: 28.45 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 84.58 Å2 / Biso mean: 27.714 Å2 / Biso min: 0.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→58.4 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Camelidae (mammal)
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