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- PDB-3qsk: 5 Histidine Variant of the anti-RNase A VHH in Complex with RNAse A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsk
タイトル5 Histidine Variant of the anti-RNase A VHH in Complex with RNAse A
要素
  • Engineered 5 Histidine anti-RNase A Camelid VHH Antibody Domain Variant
  • Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Antibody / Single Domain / Camelid / VHH / sdAb / RNase A / Ribonuclease A / pH / Sensitivity / Switch / Dependence / Linked / Equilibria / Equilibrium / Protein Engineering / Combinatorial / Histidine / Scanning / Phage Display / Dual-Function / Protein-Protein Interaction / Proton Binding / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease / Roll ...P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Murtaugh, M.L. / Fanning, S.W. / Sharma, T.M. / Terry, A.M. / Horn, J.R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: A combinatorial histidine scanning library approach to engineer highly pH-dependent protein switches.
著者: Murtaugh, M.L. / Fanning, S.W. / Sharma, T.M. / Terry, A.M. / Horn, J.R.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Engineered 5 Histidine anti-RNase A Camelid VHH Antibody Domain Variant


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8162
ポリマ－26,8162
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.787, 54.680, 48.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 抗体 Engineered 5 Histidine anti-RNase A Camelid VHH Antibody Domain Variant


分子量: 13107.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
プラスミド: pET21a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3.350, 0.2M lithium sulfate monohydrate, 0.1M bis-tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 19497 / Num. obs: 19462 / % possible obs: 99.82 % / Observed criterion σ(I): 0.34 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル最高解像度: 1.75 Å / % possible all: 99.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.135 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24591 1023 5 %RANDOM
Rwork0.18378 ---
obs0.1869 19462 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.668 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-1.2 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1838 0 0 182 2020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0211887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8631.9272552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0445243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2824.18686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.30515307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7931510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2331.51197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96121908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.953690
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5114.5642
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 61 -
Rwork0.194 1423 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.401-1.96570.69552.9959-1.45191.4191-0.3283-0.09450.09720.49650.134-0.205-0.10180.02640.19430.21860.0105-0.02890.1253-0.0050.089122.1393-20.996417.8069
21.3241-0.60790.38941.4917-0.1180.5713-0.01790.00390.0144-0.0352-0.01090.1095-0.02640.01180.02880.02670.00460.0220.05710.00410.04951.881-2.89580.5542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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