PDB-4o8q: Crystal structure of bovine MHD domain of the COPI delta subunit ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o8q

タイトル

Crystal structure of bovine MHD domain of the COPI delta subunit at 2.15 A resolution

要素

Coatomer subunit delta

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / MHD

機能・相同性

機能・相同性情報

Golgi localization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Lahav, A. / Rozenberg, H. / Cassel, D. / Adir, N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of the bovine COPI delta subunit mu homology domain at 2.15 angstrom resolution.
著者: Lahav, A. / Rozenberg, H. / Parnis, A. / Cassel, D. / Adir, N.

履歴

登録	2013年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o8q.cif.gz	207.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o8q.ent.gz	167.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o8q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2p45-d 3qsk-d 2p43-d 4nkh-4 2z2e-d 4rlb-2 2p4a-2 5yay-d 6tlh-2 2p4a-1 2p42-2 4hcg-d 4nkh-8 4nkh-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Coatomer subunit delta

B: Coatomer subunit delta

ヘテロ分子

55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coatomer subunit delta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Coatomer subunit delta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.092, 110.333, 145.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coatomer subunit delta / Archain / Delta-coat protein / Delta-COP 分子量: 27584.244 Da / 分子数: 2 / 断片: MHD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARCN1, COPD / プラスミド: pKM260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53619
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.07	59.91
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	詳細	PH範囲
293	1	0.2M Sodium citrate tribasic dehydrate, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	7.5; 7.5
293	2	0.4M NaCl, 0.1M Hepes 7.5, 18% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	1	0.9791
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	2	0.9394

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2013年4月28日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2012年12月7日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	DOUBLE CRYSTAL, SI(111) OR SI(311)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	DOUBLE CRYSTAL, SI(111) OR SI(311)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9394	1

反射

解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 43300 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 28.2

反射シェル

解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.487 / % possible all: 77.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER	(phenix)	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1565)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: molecular replacement-SAD
開始モデル: FROM INITIAL SAD EXPERIMENT

解像度: 2.15→19.89 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	1546	4.65 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.184	33217	87.7 %
all	-	33217	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

Refine analyze

Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3747	0	3	229	3979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.159	5300
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.437	1457
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	606
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2193	0.3158	120	0.2089	2480	X-RAY DIFFRACTION	76
2.2193-2.2986	0.2594	127	0.1963	2561	X-RAY DIFFRACTION	80
2.2986-2.3904	0.2888	136	0.2134	2667	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3904-2.499	0.265	129	0.2114	2684	X-RAY DIFFRACTION	83
2.499-2.6305	0.2647	140	0.2198	2858	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6305-2.7949	0.2731	140	0.2118	2900	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7949-3.01	0.2513	145	0.2186	2986	X-RAY DIFFRACTION	91
3.01-3.3117	0.2636	147	0.2053	3030	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3117-3.788	0.2101	151	0.16	3113	X-RAY DIFFRACTION	94
3.788-4.7617	0.1805	155	0.1439	3199	X-RAY DIFFRACTION	96
4.7617-19.8898	0.2068	156	0.1756	3193	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.329	0.6109	-0.4066	0.7017	0.1865	1.5524	0.088	-0.1264	-0.0917	0.3677	-0.0397	-0.4928	0.0518	-0.0852	0.0037	0.2636	0.0248	-0.0431	0.2267	0.0033	0.2433	34.852	85.4224	88.9941
2	1.5466	-0.1681	0.3051	1.346	-0.9561	1.6169	-0.1198	0.0843	-0.0767	-0.2061	0.0257	0.0394	0.1081	-0.1692	-0.0215	0.1035	0.013	0.0122	0.1875	-0.0377	0.1711	30.2702	80.2361	72.7632
3	0.3629	0.6205	-0.4099	1.4333	1.1797	1.8732	0.1173	-0.0183	0.0134	-0.2963	-0.194	0.0222	-0.5142	0.0018	-0.2805	0.2147	0.0561	-0.0929	0.1853	-0.0319	0.2024	32.5287	92.7922	90.7454
4	1.2742	-0.9088	0.0093	1.957	-0.9468	1.3756	0.1385	-0.0212	-0.228	-0.2001	-0.0407	0.1822	0.0289	-0.0312	-0.0103	0.245	-0.0358	-0.0188	0.232	-0.1085	0.259	32.4769	94.4394	112.0638
5	0.3869	0.1556	0.2932	0.327	-0.3884	0.8099	-0.0109	0.1947	-0.0137	-0.1281	0.0542	0.1485	-0.1133	-0.2167	0.1055	0.2984	-0.0663	0.0159	0.3328	-0.1271	0.3311	30.1788	94.7607	105.77
6	0.3607	0.1488	-0.6512	0.6008	-0.2382	0.9846	0.0648	-0.1687	0.0202	0.3097	-0.2171	0.3357	0.2302	-0.3593	0.0325	0.2824	-0.03	-0.0131	0.2222	-0.0316	0.2064	29.9939	80.0325	85.3057
7	2.214	-0.6968	-1.2247	1.0369	-0.103	1.3681	0.1648	0.0608	-0.148	-0.0891	-0.2175	-0.0758	-0.0367	0.1651	-0.0021	0.2954	0.0279	0.0078	0.282	0.0752	0.2817	21.6267	60.1631	110.1341
8	1.5103	-1.8054	0.4875	3.4521	-0.1293	0.5748	-0.1403	-0.3421	0.1382	0.2652	0.0964	-0.3073	0.046	0.018	-0.0002	0.2129	-0.0478	-0.0075	0.3262	-0.0152	0.2473	4.2798	82.3742	128.6651
9	0.6749	-0.5243	-0.1506	0.5728	-0.2097	0.1783	0.1839	-0.1728	0.1973	-0.0308	-0.1225	-0.1349	-0.0112	0.1547	-0.0003	0.3726	-0.0413	0.0616	0.3495	0.0119	0.4518	22.5174	68.0152	111.4358

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 267 through 305 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 306 through 351 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 352 through 388 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 389 through 441 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 442 through 480 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 481 through 511 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 270 through 368 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 369 through 471 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 472 through 511 )

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