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Yorodumi- PDB-4hcg: Uncharacterized Cupredoxin-like Domain Protein Cupredoxin_1 with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hcg | ||||||
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Title | Uncharacterized Cupredoxin-like Domain Protein Cupredoxin_1 with Zinc bound from Bacillus anthracis | ||||||
Components | Cupredoxin 1 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / beta-fold / beta sandwich / Greek-key beta-barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.847 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Uncharacterized Cupredoxin-like Domain Protein Cupredoxin_1 with Zinc bound from Bacillus anthracis Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hcg.cif.gz | 87.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hcg.ent.gz | 72 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hcg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4hcg_validation.pdf.gz | 422.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4hcg_full_validation.pdf.gz | 422.8 KB | Display | |
Data in XML | 4hcg_validation.xml.gz | 10.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4hcg_validation.cif.gz | 14.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11088.687 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 33-129 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Ames / Gene: BA_1561, GBAA_1561 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic / References: UniProt: Q81ST4, UniProt: A0A6L7H6L8*PLUS #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % w/v PEG 8000, 10 mM zinc chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97935 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 13, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. all: 21650 / Num. obs: 21650 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 26.96 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 7.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / Num. unique all: 1074 / Rsym value: 0.828 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.847→36.288 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 16.91 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.847→36.288 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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