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- PDB-6ru4: Structure of the SBP FpvC from pseudomonas aeruginosa in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ru4
タイトルStructure of the SBP FpvC from pseudomonas aeruginosa in complex with Mn2+
要素Probable adhesion protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc ion transport / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adhesin B / Adhesion lipoprotein / : / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / High-affinity zinc uptake system protein ZnuA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: A unique ferrous iron binding mode is associated with large conformational changes for the transport protein FpvC of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Boussac, A. / Marty, L. / Lo Bello, L. / Legrand, P. / Brillet, K. / Schalk, I.J. / Morera, S.
履歴
登録2019年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable adhesion protein
B: Probable adhesion protein
C: Probable adhesion protein
D: Probable adhesion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,70541
ポリマ－122,5204
非ポリマー2,18537
水3,585199
1
A: Probable adhesion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,56316
ポリマ－30,6301
非ポリマー93415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable adhesion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0989
ポリマ－30,6301
非ポリマー4688
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Probable adhesion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,12410
ポリマ－30,6301
非ポリマー4949
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Probable adhesion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9196
ポリマ－30,6301
非ポリマー2895
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.010, 178.290, 66.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Probable adhesion protein


分子量: 30629.920 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA2407
Variant: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I174
#2: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2K, 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→44.57 Å / Num. obs: 35191 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 71.47 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 8.58
反射 シェル解像度: 2.49→2.64 Å / Num. unique obs: 5188

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R3Z

6r3z


解像度: 2.49→44.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU R Cruickshank DPI: 1.689 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.929 / SU Rfree Blow DPI: 0.283 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.294
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1760 5.01 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 35152 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.515 Å20 Å2-6.48 Å2
2--0.5194 Å20 Å2
3---1.9956 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.49→44.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8324 0 70 199 8593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018534HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1611569HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2952SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1441HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8534HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1146SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9564SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.52 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 -5.26 %
Rwork0.3146 667 -
all0.3187 704 -
obs--53.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56060.3527-0.15843.5482-1.65011.64950.0327-0.0761-0.04160.0743-0.1411-0.1527-0.12590.07450.1084-0.26070.0542-0.0142-0.31140.0115-0.437761.36378.961123.9827
22.337-1.2669-1.40765.08511.55791.77750.20030.09490.0726-0.2135-0.07020.0052-0.30350.0935-0.1302-0.3056-0.0350.1117-0.4455-0.0302-0.502240.837111.133-8.5806
31.0258-0.562-0.2924.2365-1.12881.24240.16010.0392-0.05550.1453-0.1873-0.081-0.02690.06660.0272-0.3235-0.0474-0.0824-0.33280.0335-0.480539.3757-32.158135.8441
41.4755-1.2845-0.39143.22930.46831.84550.0970.1206-0.0843-0.1875-0.14550.03380.1243-0.15970.0485-0.29270.0046-0.0861-0.3487-0.019-0.529463.1395-29.96791.0783
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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