PDB-6r44: Structure of the SBP FpvC in complex with Ni2+ ion from P.aerugin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r44

タイトル

Structure of the SBP FpvC in complex with Ni2+ ion from P.aeruginosa from P21 space group

要素

Probable adhesion protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Solute binding protein / transport system

機能・相同性

機能・相同性情報

zinc ion transport / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Morera, S. / Marty, L.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: A unique ferrous iron binding mode is associated with large conformational changes for the transport protein FpvC of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Boussac, A. / Marty, L. / Lo Bello, L. / Legrand, P. / Brillet, K. / Schalk, I.J. / Morera, S.

履歴

登録	2019年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r44.cif.gz	225.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r44.ent.gz	180.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/6r44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/6r44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r3zSC 6r5sC 6r6kC 6ru4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tok-1 5azd-3 6jy8-d 3lbz-d 3mfn-2 6nwd-d 2ov3-d 6r6k-1 5n21-d 6toh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable adhesion protein

B: Probable adhesion protein

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable adhesion protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable adhesion protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.920, 41.380, 104.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable adhesion protein 分子量: 32339.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA2407 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I174
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 16% PEG 6K, 0.1 M MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→43.19 Å / Num. obs: 38967 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 34.45 Å² / R_sym value: 0.161 / Net I/σ(I): 6.13
反射シェル	解像度: 1.99→2.05 Å / Num. unique obs: 8580 / R_sym value: 1.071

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R3Z

6r3z

解像度: 1.99→43.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU R_free Blow DPI: 0.153 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.153

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	1949	5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.197	38967	99.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3102 Å²	0 Å²	1.5206 Å²
2-	-	-1.5183 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.8285 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.99→43.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4181	0	2	247	4430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4272	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	5803	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1481	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		724	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4272	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.19
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.74
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		577	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5092	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2→2.01 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.45	-	5 %
R_work	0.32	741	-
obs	-	-	76.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8434	-0.1264	0.1381	0.8117	-0.104	1.8576	-0.0479	0.0761	-0.0053	-0.0054	0.0833	0.0196	-0.0149	0.2774	-0.0354	-0.0966	-0.0033	-0.0077	-0.1139	0.0079	-0.0422	17.8279	-17.7073	11.3376
2	1.5053	-0.0283	0.4503	0.8129	-0.1753	2.0115	-0.0326	0.1759	0.0141	-0.0041	0.0378	-0.0866	-0.0055	0.4052	-0.0052	-0.0159	-0.0138	-0.0343	-0.0475	-0.004	-0.0844	45.9906	0.2591	63.4344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|41 - A\|131 A\|142 - A\|320 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|41 - B\|131 B\|142 - B\|320 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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