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万見
- PDB-2r79: Crystal Structure of a Periplasmic Heme Binding Protein from Pseu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r79
タイトルCrystal Structure of a Periplasmic Heme Binding Protein from Pseudomonas aeruginosa
要素Periplasmic binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / heme transport
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Periplasmic binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ho, W.W. / Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Holo- and apo-bound structures of bacterial periplasmic heme-binding proteins.
著者: Ho, W.W. / Li, H. / Eakanunkul, S. / Tong, Y. / Wilks, A. / Guo, M. / Poulos, T.L.
履歴
登録2007年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5876
ポリマ－29,5951
非ポリマー9935
水2,846158
1
A: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,52536
ポリマ－177,5686
非ポリマー5,95730
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
crystal symmetry operation10_774-y+2,-x+2,-z-1/21
crystal symmetry operation11_754-x+y+2,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/21
Buried area24130 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area61010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.913, 132.913, 72.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic binding protein


分子量: 29594.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 from ATCC / プラスミド: pET 101/D-TOPO / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O68879
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 0.25M sodium chloride, 1.8M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL1-511
シンクロトロンSSRL BL1-521.74, 1.65
シンクロトロンSSRL BL1-531.74, 1.65
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2007年3月23日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2007年3月23日mirrors
ADSC QUANTUM 43CCD2007年3月24日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITEMADMx-ray2
3GRAPHITEMADMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.741
31.651
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 15023 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 735 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→43.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3016812.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1476 9.8 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 15013 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.2989 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.35 Å20 Å20 Å2
2--4.35 Å20 Å2
3----8.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 65 158 2279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.62.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 221 9.1 %
Rwork0.223 2219 -
obs--97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2param19x.heme2water.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramtoph19x.heme2
X-RAY DIFFRACTION4hetero.parhetero.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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