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万見
- PDB-2r7a: Crystal Structure of a Periplasmic Heme Binding Protein from Shig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r7a
タイトルCrystal Structure of a Periplasmic Heme Binding Protein from Shigella dysenteriae
要素Bacterial heme binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / heme transport
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Periplasmic binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella dysenteriae (志賀赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ho, W.W. / Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Holo- and apo-bound structures of bacterial periplasmic heme-binding proteins.
著者: Ho, W.W. / Li, H. / Eakanunkul, S. / Tong, Y. / Wilks, A. / Guo, M. / Poulos, T.L.
履歴
登録2007年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月16日Group: Data collection
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterial heme binding protein
B: Bacterial heme binding protein
C: Bacterial heme binding protein
D: Bacterial heme binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9465
ポリマ－110,3304
非ポリマー6161
水8,989499
1
A: Bacterial heme binding protein
C: Bacterial heme binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7813
ポリマ－55,1652
非ポリマー6161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22260 Å2
手法PISA
2
B: Bacterial heme binding protein
D: Bacterial heme binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1652
ポリマ－55,1652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.700, 73.308, 73.316
Angle α, β, γ (deg.)70.25, 79.02, 90.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Bacterial heme binding protein


分子量: 27582.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella dysenteriae (志賀赤痢菌)
株: pSHU262 / プラスミド: pSHU262 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O70018
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1M sodium citrate, 0.05M ammonium bromide, 15% polyethylene glycol 4000, 0.001M hemin chloride, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→43.86 Å / Num. obs: 63384 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Rsym value: 0.67 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model of PhuT, PDB ENTRY 2R79

2r79


解像度: 2.05→43.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1452602.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 6415 10.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 63591 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.0413 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5 Å2-6.06 Å2-4.81 Å2
2--0.95 Å25.26 Å2
3---4.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7741 0 43 499 8283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.382.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 1111 10.7 %
Rwork0.26 9236 -
obs--94 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2param19x.heme2water.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramtoph19x.heme2
X-RAY DIFFRACTION4hetero.parhetero.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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