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Yorodumi- PDB-3e0z: Crystal structure of a putative imidazole glycerol phosphate synt... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e0z | ||||||
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Title | Crystal structure of a putative imidazole glycerol phosphate synthase homolog (eubrec_1070) from eubacterium rectale at 1.75 A resolution | ||||||
Components | protein of unknown function | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
Function / homology | Domain of unknown function DUF3837 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | ||||||
Biological species | Eubacterium rectale (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of protein of unknown function (RER070207001348) from Eubacterium rectale at 1.75 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3e0z.cif.gz | 105.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3e0z.ent.gz | 86.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3e0z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: THR / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 105 / Label seq-ID: 4 - 106
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-Components
#1: Protein | Mass: 12676.902 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Eubacterium rectale (bacteria) / Gene: RER070207001348 / Plasmid: SpeedET / Production host: Escherichia Coli (E. coli) / Strain (production host): HK100 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PG4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.82 Å3/Da / Density % sol: 32.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 30.0000% PEG-6000, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.75→29.656 Å / Num. obs: 36433 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 13.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1,2
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.75→29.656 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.559 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.133 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...Details: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.PEG MOLECULES FROM CRYOPROTECTION CONDITIOIN ARE MODELED INTO THIS STRUCTURE.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.707 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→29.656 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 1240 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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