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- PDB-2ynx: Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Archa... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ynx | ||||||
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Title | Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Archaea Common Ancestor (LACA) from the Precambrian Period | ||||||
![]() | LACA THIOREDOXIN | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ANCESTRAL RECONSTRUCTED | ||||||
Function / homology | Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION![]() | ||||||
Biological species | SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gavira, J.A. / Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years Authors: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 146.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 118.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 433 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 434 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2yj7C ![]() 2yn1C ![]() 2yoiC ![]() 2ypmC ![]() 3zivC ![]() 4ba7C ![]() 2trxS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12033.165 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: OXIDOREDUCTASE, ANCESTRAL RECONSTRUCTED / Source: (gene. exp.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ACT / | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.6 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: counter-diffusion / pH: 9 Details: COUNTER-DIFFUSION: TRIS-HCL 0.1M, 20% PEG 400, 15% PEG 4000, 10% PEG 8000; PH 9.0, 277 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→45.32 Å / Num. obs: 18887 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.84 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 88.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2TRX Resolution: 1.749→45.322 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.97 / Phase error: 21.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.652 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.8 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.749→45.322 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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