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- PDB-2yn1: Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Gamma... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yn1 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Gamma- Proteobacteria Common Ancestor (LGPCA) from the Precambrian Period | |||||||||
![]() | LGPCA THIOREDOXIN | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ALPHA BETA / ELECTRON TRANSPORT / ANCESTRAL RECONSTRUCTED PROTEIN | |||||||||
Function / homology | Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / TRIETHYLENE GLYCOL![]() | |||||||||
Biological species | SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gavira, J.A. / Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years Authors: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 152.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 124.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 442.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 445.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2yj7C ![]() 2ynxC ![]() 2yoiC ![]() 2ypmC ![]() 3zivC ![]() 4ba7C ![]() 2trxS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11724.506 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.45 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: counter-diffusion / pH: 3 Details: COUNTER-DIFFUSION TECHNIQUE. 30% PEG 400, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M NA CITRATE, PH 8.50, 277K. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 5, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→34.09 Å / Num. obs: 43308 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 12.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.47 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.35 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 97.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2TRX Resolution: 1.3→34.089 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→34.089 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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