PDB-1xwb: Drospohila thioredoxin, oxidized, P42212

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xwb

タイトル

Drospohila thioredoxin, oxidized, P42212

要素

thioredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Dimerization / Drosophila melanogaster / redox regulation / thioredoxin / x-ray crystal structure

機能・相同性

機能・相同性情報

The NLRP3 inflammasome / TP53 Regulates Metabolic Genes / Protein repair / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Oxidative Stress Induced Senescence / glutathione disulfide oxidoreductase activity / disulfide oxidoreductase activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wahl, M.C. / Irmler, A. / Hecker, B. / Schirmer, R.H. / Becker, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Comparative structural analysis of oxidized and reduced thioredoxin from Drosophila melanogaster
著者: Wahl, M.C. / Irmler, A. / Hecker, B. / Schirmer, R.H. / Becker, K.

履歴

登録	2004年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb1xwb.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1xwb_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xwb_full_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/1xwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/1xwb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1xw9C 1xwaC 1xwcC 1aucS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fb6-1 1xw9-1 1xwa-2 3ziv-2 3ziv-1 1xob-d 1xw9-3 4pol-2 1xlp-2 3hhv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: thioredoxin

B: thioredoxin

C: thioredoxin

D: thioredoxin

ヘテロ分子

47.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: thioredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: thioredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: thioredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: thioredoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
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5

A: thioredoxin

ヘテロ分子

B: thioredoxin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.465, 99.465, 87.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-803- CD

#1: タンパク質	thioredoxin 分子量: 11748.636 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: TRX-2 / プラスミド: pQE-30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9V429
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2 詳細: CdCl2, PEG400, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 22855 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 34.4 Å² / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 1AUC

1auc

解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 8.744 / SU ML: 0.219 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.45 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28835	1004	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22274	-	-	-
obs	0.22605	18759	86.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.178 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3264	0	3	218	3485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.083	1.972	4484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.733	3	7044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.784	5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.259	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.292	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.245	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.23	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.163	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.313	4	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.384	6	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.78	4	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.028	6	1068

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.373	84
R_work	0.319	1407

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6511	-1.3365	0.6501	12.5481	-4.8726	0.7775	0.0356	0.0544	0.0114	-0.4198	-0.0307	-0.1078	0.1725	-0.0781	-0.0049	0.275	0.0215	0.0453	0.1916	-0.0045	0.2157	31.616	16.2598	11.1134
2	6.3633	0.5609	3.1783	1.3448	1.1952	9.192	-0.0431	-0.4801	-0.0018	0.8064	-0.1826	0.2475	-0.1063	-0.334	0.2257	0.3759	-0.0142	-0.0577	0.1397	0.0114	0.1786	30.4034	17.3108	33.4054
3	0.2997	0.3748	-0.6742	4.3855	-1.3803	1.3306	-0.0025	0.0402	0.0527	-0.3352	-0.2069	-0.4296	0.2925	0.2143	0.2095	0.2244	0.0066	0.0174	0.2336	0.045	0.2994	40.7948	13.5958	17.8319
4	1.3887	-2.1547	5.5242	10.8557	-4.9309	9.6562	-0.027	0.0089	0.3201	0.2574	-0.1429	-0.247	-0.0284	-0.1688	0.1699	0.2338	-0.024	-0.0204	0.1313	0.0012	0.2649	35.3247	29.0356	29.0368
5	0.1261	0.155	-0.2397	0.7694	1.0745	0.6313	0.0114	0.1684	0.1082	0.1056	-0.0746	-0.1359	0.0222	-0.0376	0.0632	0.2492	0.0005	-0.0225	0.2109	0.0282	0.2679	33.4316	20.2416	22.2002
6	2.5536	-2.9172	0.0035	4.5425	2.0155	4.0395	-0.1339	0.042	0.0695	0.1358	-0.0386	0.5129	0.1855	-0.5551	0.1726	0.2354	-0.0526	0.0073	0.25	-0.0321	0.2736	19.2477	90.5928	33.4715
7	6.1326	0.0692	3.4964	7.5502	10.0464	15.0985	-0.0968	0.3017	-0.0912	0.4464	-0.0917	-0.6366	0.059	0.1031	0.1885	0.2201	-0.0157	-0.0424	0.1761	0.1181	0.2423	39.9868	99.1562	32.5278
8	1.2267	-0.3076	-1.1515	0.5129	-2.3811	3.3684	0.1678	-0.2085	0.1859	0.0667	-0.0276	0.5969	-0.162	-0.2059	-0.1403	0.3715	0.0114	0.0187	0.1755	-0.0517	0.173	22.8954	98.9386	40.9623
9	2.698	1.7114	6.8369	14.0463	2.1178	5.8002	-0.4067	0.1384	-0.0004	0.3618	-0.4104	-0.294	0.1457	0.6755	0.8171	0.278	-0.0189	-0.1328	0.218	0.1373	0.1471	39.9408	88.922	40.9057
10	-0.0497	0.1101	0.6641	0.3957	-0.5305	1.1757	-0.0163	-0.01	0.0333	0.1421	-0.1761	-0.0674	-0.0373	-0.032	0.1924	0.3229	-0.0219	-0.0205	0.1931	0.0079	0.2194	30.4682	92.9397	35.7507
11	6.3922	1.1079	-2.3595	7.0286	2.8844	2.8241	0.108	-0.0582	-0.2006	0.1901	-0.0365	0.3375	-0.0064	-0.1083	-0.0715	0.2687	0.0155	0.0216	0.1788	-0.0373	0.2002	71.9738	60.1046	32.2192
12	4.9363	-3.3529	6.1385	5.449	-0.3692	6.2466	0.133	0.2363	0.4204	0.0335	-0.2653	-0.1935	0.1883	0.196	0.1324	0.2198	-0.0133	0.004	0.2077	0.0555	0.246	92.6979	64.6058	25.0699
13	0.3948	1.1035	-1.7776	6.6595	-2.4531	5.2286	-0.2162	-0.219	0.2961	0.3767	0.1967	0.4225	-0.2452	-0.2054	0.0194	0.2674	0.048	-0.0104	0.2235	-0.0269	0.1873	78.9721	67.2479	38.1993
14	11.244	8.5074	-1.4485	9.0526	-2.5078	2.1057	0.1717	0.1924	-0.291	0.3105	-0.2142	-0.5055	0.3698	0.3865	0.0424	0.2496	0.1165	-0.0352	0.1949	0.0568	0.2525	93.3757	54.638	33.6032
15	1.5318	-1.3192	0.3716	1.1353	0.3784	0.6145	-0.0651	-0.0819	0.1228	0.0138	0.0265	0.1232	0.1173	0.0617	0.0386	0.3204	0.0051	-0.0172	0.1746	0.0085	0.1948	83.7325	60.1547	30.975
16	4.3733	3.842	4.0918	-3.5381	5.4452	3.1642	-0.654	-0.1886	-0.0325	-0.5672	0.4542	0.6038	-0.1758	-0.2137	0.1999	0.3306	0.0192	-0.0196	0.1638	0.0086	0.2395	80.6044	83.5087	7.5773
17	8.5128	0.264	-2.1437	10.2142	4.7736	9.8368	0.5283	-0.7696	0.0507	0.7417	-0.3991	-0.2449	-0.2615	0.075	-0.1292	0.2965	-0.0181	-0.0717	0.1262	0.0356	0.1844	88.1223	83.4623	28.633
18	3.677	-1.6906	1.3309	6.1477	-8.2561	14.9109	0.1655	0.3361	0.0345	-0.2465	-0.1433	-0.5953	0.1845	-0.0325	-0.0222	0.223	0.0408	0.0443	0.1934	0.0669	0.2541	91.3862	79.0924	10.4366
19	6.8634	-8.4552	8.6494	18.5886	-8.0147	16.1734	-0.3565	-0.2304	0.9792	0.9847	-0.0947	-1.4341	-1.0636	-0.1179	0.4511	0.2145	-0.1335	-0.0623	0.0874	0.0011	0.3416	92.8632	94.4699	22.5559
20	1.5548	-0.5564	0.438	3.4665	0.4901	2.2126	0.1024	0.0325	0.2157	-0.0186	-0.1233	-0.2565	-0.0914	0.0645	0.0209	0.2262	-0.0235	-0.0026	0.167	0.0283	0.2938	87.0036	86.3251	17.1139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	93 - 106	93 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	62 - 72	62 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	30 - 50	30 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	6 - 20	6 - 20
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	1 - 5	1 - 5
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	21 - 29	21 - 29
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	51 - 61	51 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	73 - 92	73 - 92
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	93 - 106	93 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	62 - 72	62 - 72
11	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	30 - 50	30 - 50
12	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	6 - 20	6 - 20
13	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	2 - 5	2 - 5
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	21 - 29	21 - 29
15	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	51 - 61	51 - 61
16	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	73 - 92	73 - 92
17	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	93 - 106	93 - 106
18	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	62 - 72	62 - 72
19	X-RAY DIFFRACTION	13	C	C	30 - 50	30 - 50
20	X-RAY DIFFRACTION	14	C	C	6 - 20	6 - 20
21	X-RAY DIFFRACTION	15	C	C	3 - 5	3 - 5
22	X-RAY DIFFRACTION	15	C	C	21 - 29	21 - 29
23	X-RAY DIFFRACTION	15	C	C	51 - 61	51 - 61
24	X-RAY DIFFRACTION	15	C	C	73 - 92	73 - 92
25	X-RAY DIFFRACTION	16	D	D	93 - 106	93 - 106
26	X-RAY DIFFRACTION	17	D	D	62 - 72	62 - 72
27	X-RAY DIFFRACTION	18	D	D	30 - 50	30 - 50
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29	X-RAY DIFFRACTION	20	D	D	1 - 5	1 - 5
30	X-RAY DIFFRACTION	20	D	D	21 - 29	21 - 29
31	X-RAY DIFFRACTION	20	D	D	51 - 61	51 - 61
32	X-RAY DIFFRACTION	20	D	D	73 - 92	73 - 92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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