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- PDB-5msj: Mouse PA28alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5msj
タイトルMouse PA28alpha
要素Proteasome activator complex subunit 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / proteasome activator / regulator / heptamer / REGalpha / interferon-gamma / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Proteasome assembly / proteasome activator complex / antigen processing and presentation of exogenous antigen
類似検索 - 分子機能
Proteasome activator PA28, N-terminal domain / Proteasome activator PA28, N-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, N-terminal / Proteasome activator PA28 / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome activator complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Huber, E.M. / Groll, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
German Research FoundationSFB1035 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / : 2017
タイトル: The Mammalian Proteasome Activator PA28 Forms an Asymmetric alpha 4 beta 3 Complex.
著者: Huber, E.M. / Groll, M.
履歴
登録2017年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proteasome activator complex subunit 1
B: Proteasome activator complex subunit 1
C: Proteasome activator complex subunit 1
D: Proteasome activator complex subunit 1
E: Proteasome activator complex subunit 1
F: Proteasome activator complex subunit 1
G: Proteasome activator complex subunit 1
H: Proteasome activator complex subunit 1
I: Proteasome activator complex subunit 1
J: Proteasome activator complex subunit 1
K: Proteasome activator complex subunit 1
L: Proteasome activator complex subunit 1
M: Proteasome activator complex subunit 1
N: Proteasome activator complex subunit 1
O: Proteasome activator complex subunit 1
P: Proteasome activator complex subunit 1
Q: Proteasome activator complex subunit 1
R: Proteasome activator complex subunit 1
S: Proteasome activator complex subunit 1
T: Proteasome activator complex subunit 1
U: Proteasome activator complex subunit 1
V: Proteasome activator complex subunit 1
W: Proteasome activator complex subunit 1
X: Proteasome activator complex subunit 1
Y: Proteasome activator complex subunit 1
Z: Proteasome activator complex subunit 1
a: Proteasome activator complex subunit 1
b: Proteasome activator complex subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)804,10328
ポリマ-804,10328
非ポリマー00
00
1
A: Proteasome activator complex subunit 1
B: Proteasome activator complex subunit 1
C: Proteasome activator complex subunit 1
D: Proteasome activator complex subunit 1
E: Proteasome activator complex subunit 1
F: Proteasome activator complex subunit 1
G: Proteasome activator complex subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,0267
ポリマ-201,0267
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27350 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area61820 Å2
手法PISA
2
H: Proteasome activator complex subunit 1
I: Proteasome activator complex subunit 1
J: Proteasome activator complex subunit 1
K: Proteasome activator complex subunit 1
L: Proteasome activator complex subunit 1
M: Proteasome activator complex subunit 1
N: Proteasome activator complex subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,0267
ポリマ-201,0267
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27930 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area61750 Å2
手法PISA
3
O: Proteasome activator complex subunit 1
P: Proteasome activator complex subunit 1
Q: Proteasome activator complex subunit 1
R: Proteasome activator complex subunit 1
S: Proteasome activator complex subunit 1
T: Proteasome activator complex subunit 1
U: Proteasome activator complex subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,0267
ポリマ-201,0267
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26890 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area61340 Å2
手法PISA
4
V: Proteasome activator complex subunit 1
W: Proteasome activator complex subunit 1
X: Proteasome activator complex subunit 1
Y: Proteasome activator complex subunit 1
Z: Proteasome activator complex subunit 1
a: Proteasome activator complex subunit 1
b: Proteasome activator complex subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,0267
ポリマ-201,0267
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27290 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area61260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.790, 119.800, 196.670
Angle α, β, γ (deg.)94.21, 98.52, 87.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 ...
Proteasome activator complex subunit 1 / 11S regulator complex subunit alpha / REG-alpha / Activator of multicatalytic protease subunit 1 / ...11S regulator complex subunit alpha / REG-alpha / Activator of multicatalytic protease subunit 1 / Proteasome activator 28 subunit alpha / PA28alpha


分子量: 28717.973 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Psme1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P97371

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes, 25 % PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 92743 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AVO
解像度: 3.5→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 103.857 / SU ML: 0.658 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.746 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28279 4638 5 %RANDOM
Rwork0.24953 ---
obs0.25122 88105 93.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.792 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å2-0.56 Å2-0.21 Å2
2--4.02 Å20.71 Å2
3----4.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.5→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46128 0 0 0 46128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01946967
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0244998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9961.98263461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8483104918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.58155667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60825.472278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.559158845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.96915239
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.27190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02151096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.028555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6117.29222836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6117.29222835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14710.92928447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.14710.92928448
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3287.2424131
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.3287.2424132
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.68210.87235015
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.63485.8752228
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.63485.86952228
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 339 -
Rwork0.35 6433 -
obs--93.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41360.15340.57030.75690.03482.7171-0.02360.12710.04370.0637-0.0441-0.0495-0.14730.28630.06780.3520.0226-0.04480.24280.03290.10941.486424.54362.3975
20.58860.2007-0.3590.09360.02561.29340.00790.03620.07050.00190.00850.0420.2571-0.1136-0.01640.43210.0316-0.06840.2680.05010.0702-18.913517.6118-0.8942
31.7377-0.9244-2.00112.01421.84022.75430.00560.0874-0.00880.1357-0.0155-0.1354-0.0082-0.08340.00990.3661-0.0041-0.08220.2384-0.00390.0737-25.7004-3.3416-3.6599
42.1582-0.4735-1.42790.6846-0.05571.1805-0.0554-0.016-0.01410.01470.0570.04630.0527-0.0371-0.00160.41-0.04550.04860.3267-0.14830.0764-13.5068-22.2775-2.7336
50.728-0.12130.74740.2409-0.0661.2326-0.04980.0281-0.24580.0413-0.0995-0.04420.0520.12470.14940.41370.02970.12290.3020.0660.49077.1124-24.88741.0687
60.1411-0.0370.38311.9849-2.00243.0657-0.00140.0351-0.0830.0615-0.0033-0.2031-0.0769-0.13420.00470.32790.0501-0.00150.30510.00190.117222.9679-8.33624.0539
71.3111-0.26210.9481.5288-1.10933.6662-0.0958-0.0255-0.13110.0706-0.0188-0.1731-0.0050.06750.11450.2772-0.01010.01720.1739-0.01510.098919.924413.02045.5923
81.71260.160.73960.63920.49724.0954-0.0938-0.05310.30020.1065-0.0549-0.2795-0.0687-0.05850.14870.32410.0226-0.09150.17380.10130.261827.6217-40.8823100.6432
91.18821.0339-0.17692.25781.00861.4539-0.0905-0.08670.27240.04030.07850.2210.0073-0.04310.0120.29330.0564-0.07040.30810.10920.17197.9202-49.728496.863
102.3607-1.034-1.75741.16671.1713.3625-0.14940.0550.1369-0.07380.06830.0546-0.2641-0.21870.08110.3019-0.0611-0.01070.20790.05480.07233.9185-71.290192.5222
110.25230.2394-0.15290.6609-0.3290.1889-0.13610.0197-0.2295-0.15130.0211-0.11420.0539-0.06490.11490.2798-0.0190.16970.4353-0.07750.245217.9219-88.680493.009
121.34391.0436-0.59611.3079-1.13981.18910.0428-0.0134-0.12730.0602-0.0429-0.0868-0.0560.05380.00010.2836-0.02740.19140.2786-0.13190.198239.6768-88.591797.7549
130.0980.2849-0.07333.0952-1.92341.4042-0.04090.0799-0.11030.13540.0552-0.2228-0.0798-0.0127-0.01420.209-0.03870.06880.43210.01080.162352.5338-71.325102.7976
141.1238-0.23441.14010.4548-0.97964.0578-0.1415-0.0244-0.0240.02450.0795-0.1847-0.0221-0.1270.0620.2609-0.0346-0.01280.21020.04370.169947.1546-50.6947104.3131
150.9383-0.4076-0.5460.55990.98592.1284-0.0744-0.0218-0.1632-0.0377-0.03810.1184-0.11850.19070.11250.33980.00810.07470.2809-0.03940.1154-6.7224-88.7266157.2195
161.08590.49970.24021.22380.61993.4273-0.09630.1356-0.0233-0.05080.01460.18610.17390.03730.08170.23850.04380.09050.2078-0.0220.1597-11.5318-67.8782157.7968
170.732-0.15790.77760.6796-0.63481.1673-0.0255-0.05360.22250.005-0.06740.1428-0.06650.0040.09280.41590.00980.07990.2687-0.06690.14621.6253-50.1897162.7647
180.8458-0.13880.29290.7963-1.17341.7787-0.051-0.14610.24790.068-0.0619-0.0504-0.0811-0.03140.11290.5101-0.0102-0.05050.2476-0.09690.090223.5761-50.8897168.3071
190.2309-0.05320.04420.2499-0.190.1502-0.1078-0.1465-0.01020.0874-0.0066-0.1485-0.11280.01760.11450.4249-0.0225-0.03250.33960.09110.111737.1548-68.0468169.34
201.80220.5399-1.73830.4002-0.2672.1477-0.08140.0167-0.24310.109-0.0317-0.1896-0.0257-0.06980.11320.38810.0221-0.04480.31560.14130.140632.8198-88.7755165.8882
211.08850.2871-0.64240.13630.02261.14230.09280.025-0.30150.015-0.1209-0.126-0.0848-0.21640.0280.3870.05280.08460.30350.09020.149411.3537-98.0484162.6582
220.3478-0.11590.39891.11030.52761.1610.0811-0.0198-0.0764-0.0626-0.0924-0.0357-0.1032-0.10080.01130.28320.01350.0070.22750.0250.139-34.268-18.34262.4064
231.172-0.18580.40420.12210.39743.07350.05350.0574-0.11320.0514-0.03140.05780.0704-0.0612-0.02210.3833-0.00930.03050.2097-0.02030.0934-36.43093.095762.9478
240.69190.11520.85310.3874-0.35271.77330.0244-0.05890.1995-0.0239-0.10120.1492-0.00820.17640.07670.361-0.02560.01220.3188-0.09110.101-20.791819.109266.8786
251.4913-0.3087-0.13251.6507-1.25371.07660.13230.00470.1375-0.033-0.10860.01250.03170.0007-0.02370.4239-0.0624-0.02980.2816-0.05830.03250.556416.35569.9788
260.41130.5412-0.7581.7546-1.20541.4595-0.0482-0.0134-0.0308-0.0547-0.014-0.08920.01-0.02270.06210.3866-0.0286-0.0840.32570.10590.054512.1059-2.13770.7106
271.4065-0.3756-1.60920.6769-0.2823.0495-0.11230.0368-0.08920.0948-0.2344-0.28280.02380.00570.34670.2673-0.0271-0.03910.27940.19690.2184.8689-23.053168.8866
280.9067-0.2496-1.60630.87430.59453.1833-0.07810.0752-0.33520.0201-0.3378-0.0391-0.0449-0.23530.41590.25730.00420.03050.21130.07050.2538-15.208-30.513264.6196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 243
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 243
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 243
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 244
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 241
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 244
8X-RAY DIFFRACTION8H4 - 243
9X-RAY DIFFRACTION9I6 - 244
10X-RAY DIFFRACTION10J4 - 242
11X-RAY DIFFRACTION11K4 - 242
12X-RAY DIFFRACTION12L5 - 243
13X-RAY DIFFRACTION13M7 - 241
14X-RAY DIFFRACTION14N3 - 243
15X-RAY DIFFRACTION15O8 - 243
16X-RAY DIFFRACTION16P4 - 244
17X-RAY DIFFRACTION17Q6 - 243
18X-RAY DIFFRACTION18R8 - 241
19X-RAY DIFFRACTION19S8 - 242
20X-RAY DIFFRACTION20T4 - 243
21X-RAY DIFFRACTION21U7 - 242
22X-RAY DIFFRACTION22V8 - 243
23X-RAY DIFFRACTION23W5 - 243
24X-RAY DIFFRACTION24X8 - 243
25X-RAY DIFFRACTION25Y6 - 243
26X-RAY DIFFRACTION26Z4 - 243
27X-RAY DIFFRACTION27a4 - 243
28X-RAY DIFFRACTION28b4 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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