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- PDB-4xz6: TmoX in complex with TMAO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xz6
タイトルTmoX in complex with TMAO
要素Glycine betaine/proline ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / substrate binding protein / complex
機能・相同性ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space / metal ion binding / trimethylamine oxide / Trimethylamine N-oxide-binding protein
機能・相同性情報
生物種Ruegeria pomeroyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, Y.Z. / Li, C.Y.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Mechanistic Insight into Trimethylamine N-Oxide Recognition by the Marine Bacterium Ruegeria pomeroyi DSS-3
著者: Li, C.Y. / Chen, X.L. / Shao, X. / Wei, T.D. / Wang, P. / Xie, B.B. / Qin, Q.L. / Zhang, X.Y. / Su, H.N. / Song, X.Y. / Shi, M. / Zhou, B.C. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine betaine/proline ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
B: Glycine betaine/proline ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2069
ポリマ－74,6692
非ポリマー5377
水2,954164
1
A: Glycine betaine/proline ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6345
ポリマ－37,3351
非ポリマー2994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12050 Å2
手法PISA
2
B: Glycine betaine/proline ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5724
ポリマ－37,3351
非ポリマー2373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.624, 134.979, 58.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycine betaine/proline ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein


分子量: 37334.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (strain ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3) (バクテリア)
株: ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3 / 遺伝子: SPO1548 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5LT66

-
非ポリマー , 5種, 171分子

#2: 化合物 ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 25% (wt/vol) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23366 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.11
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.751 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→44.15 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1140 5.15 %
Rwork0.174 --
obs0.177 22143 94.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.91 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.9784 Å20 Å2-7.1832 Å2
2--0.7478 Å20 Å2
3----12.7262 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4522 0 32 164 4718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074709
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0536444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1981636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1943-2.29420.31131140.21322458X-RAY DIFFRACTION88
2.2942-2.41510.31351350.20442480X-RAY DIFFRACTION90
2.4151-2.56640.28911290.19722555X-RAY DIFFRACTION93
2.5664-2.76450.25571360.2072626X-RAY DIFFRACTION94
2.7645-3.04270.28591640.19562625X-RAY DIFFRACTION96
3.0427-3.48280.21431630.17182716X-RAY DIFFRACTION98
3.4828-4.38730.20321400.13482758X-RAY DIFFRACTION98
4.3873-44.15580.2141590.16412785X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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