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- PDB-6fsn: Catalytic domain of UDP-Glucose Glycoprotein Glucosyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fsn
タイトルCatalytic domain of UDP-Glucose Glycoprotein Glucosyltransferase from Chaetomium thermophilum in complex with UDP-glucose (conformation 1)
要素UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
キーワードTRANSFERASE / glycoprotein / misfolding / endoplasmic reticulum. UDP-glucose / GT24
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / ERAD pathway / unfolded protein binding / endoplasmic reticulum lumen / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain ...UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain / Glucosyltransferase 24 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Roversi, P. / Le Cornu, J.D. / Hill, J. / Alonzi, D.S. / Zitzmann, N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust106272/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Crystal polymorphism in fragment-based lead discovery of ligands of the catalytic domain of UGGT, the glycoprotein folding quality control checkpoint.
著者: Caputo, A.T. / Ibba, R. / Le Cornu, J.D. / Darlot, B. / Hensen, M. / Lipp, C.B. / Marciano, G. / Vasiljevic, S. / Zitzmann, N. / Roversi, P.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.type
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / software / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _software.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32022年11月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.52024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5276
ポリマ－35,4871
非ポリマー1,0405
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomeric globular.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.832, 118.832, 68.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量: 35487.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0048990 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G0SB58
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 256分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 % / 解説: Chunky prisms
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.12 M Morpheus Screen Ethylene glycols 0.1 M Morpheus Screen Buffer System 3 pH 8.5 50% v/v Morpheus Screen Precipitant Mix

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Ambient temp details: Cryostat
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97956 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日
詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair for horizontal and vertical focussing
放射モノクロメーター: double crystal. Crystal Type, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→57.17 Å / Num. obs: 94855 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 19.53 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.19→1.34 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.397 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 13700 / CC1/2: 0.502 / Rpim(I) all: 0.689 / Rrim(I) all: 1.56 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSJun 1, 2017データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
MOLREP11.5.04位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5nv4

5nv4


解像度: 1.19→13.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU R Cruickshank DPI: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.053 / SU Rfree Blow DPI: 0.053 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.053 / 詳細: autoBUSTER 2.10.3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 4421 5.08 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 87031 75.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1062 Å20 Å20 Å2
2--0.1062 Å20 Å2
3----0.2123 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.19→13.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2326 0 65 252 2643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014984HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.068977HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1103SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes798HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4984HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion322SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5644SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.22 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 -5.83 %
Rwork0.2369 113 -
all0.2373 120 -
obs--1.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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