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Yorodumi- PDB-6ts2: Truncated version of Chaetomium thermophilum UDP-Glucose Glucosyl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ts2 | ||||||||||||
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Title | Truncated version of Chaetomium thermophilum UDP-Glucose Glucosyl Transferase (UGGT) lacking domain TRXL2 (417-650). | ||||||||||||
Components | UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein,UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein | ||||||||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Endoplasmic Reticulum / Glycoprotein Folding / ERQC / UGGT / truncation / deletion / thioredoxin-like domain | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / unfolded protein binding / endoplasmic reticulum lumen / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 5.74 Å | ||||||||||||
Authors | Roversi, P. / Zitzmann, N. | ||||||||||||
Funding support | United Kingdom, 3items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2021 Title: Clamping, bending, and twisting inter-domain motions in the misfold-recognizing portion of UDP-glucose: Glycoprotein glucosyltransferase. Authors: Modenutti, C.P. / Blanco Capurro, J.I. / Ibba, R. / Alonzi, D.S. / Song, M.N. / Vasiljevic, S. / Kumar, A. / Chandran, A.V. / Tax, G. / Marti, L. / Hill, J.C. / Lia, A. / Hensen, M. / ...Authors: Modenutti, C.P. / Blanco Capurro, J.I. / Ibba, R. / Alonzi, D.S. / Song, M.N. / Vasiljevic, S. / Kumar, A. / Chandran, A.V. / Tax, G. / Marti, L. / Hill, J.C. / Lia, A. / Hensen, M. / Waksman, T. / Rushton, J. / Rubichi, S. / Santino, A. / Marti, M.A. / Zitzmann, N. / Roversi, P. #1: Journal: Biorxiv / Year: 2019 Title: Clamping, bending, and twisting inter-domain motions in the misfold-recognising portion of UDP-glucose:glycoprotein glucosyl-transferase Authors: Roversi, P. / Zitzmann, N. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ts2.cif.gz | 1.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ts2.ent.gz | 1.5 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ts2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6ts2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6ts2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6trfC 6trtC 6ts8C 5nv4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Non-polymers , 2 types, 8 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 142420.688 Da / Num. of mol.: 4 Mutation: Deletion of CtUGGT TRXL2 domain i.e. residues CtUGGT 417-650 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Deletion of CtUGGT TRXL2 domain i.e. residues CtUGGT 417-650.,Deletion of CtUGGT TRXL2 domain i.e. residues CtUGGT 417-650. Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus) Gene: CTHT_0048990 / Plasmid: pHLsec / Cell (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: G0SB58 #6: Chemical | ChemComp-CA / |
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-Sugars , 4 types, 16 molecules
#2: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||
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#3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.85 / Details: 0.1M Sodium citrate pH 5.5, 20% w/v PEG 3,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 13, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 5.74→140.609 Å / Num. obs: 17344 / % possible obs: 91.5 % / Redundancy: 5.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 3.6 |
Reflection shell | Resolution: 5.74→6.152 Å / Rmerge(I) obs: 1.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 817 / CC1/2: 0.467 / Rpim(I) all: 0.636 / Rrim(I) all: 1.569 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5nv4 Resolution: 5.74→140.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.768 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.706 / Cross valid method: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 2.162 Details: The final model was refined in autoBUSTER with one set of TLS thermal motion tensors per domain and non-crystallographic symmetry and external restraints to the PDB ID 5NV4 structure
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Displacement parameters | Biso mean: 133.74 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.52 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 5.74→140.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 5.725→6.03 Å
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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