PDB-6pyd: Structure of 3E9 antibody Fab bound to marinobufagenin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pyd

タイトル

Structure of 3E9 antibody Fab bound to marinobufagenin

要素

3E9 anti-marinobufagenin antibody Fab heavy chain, recloned with human IgG4 C region
3E9 antibody Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Marinobufagenin / antibody engineering / Bence-Jones dimer

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-P4S

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Franklin, M.C. / Macdonald, L.E. / McWhirter, J. / Murphy, A.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Kappa-on-Heavy (KoH) bodies are a distinct class of fully-human antibody-like therapeutic agents with antigen-binding properties.
著者: Macdonald, L.E. / Meagher, K.A. / Franklin, M.C. / Levenkova, N. / Hansen, J. / Badithe, A.T. / Zhong, M. / Krueger, P. / Rafique, A. / Tu, N. / Shevchuk, J. / Wadhwa, S. / Ehrlich, G. / ...

履歴

登録	2019年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pyd.cif.gz	343.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pyd.ent.gz	281 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pyd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pyd_validation.pdf.gz	993.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pyd_full_validation.pdf.gz	997.1 KB	表示
XML形式データ	6pyd_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	6pyd_validation.cif.gz	50.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/6pyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/6pyd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pycC 4pubS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pzg-d 5i8e-2 5it2-d 1rzi-3 4hfw-1 7lk9-3 6amm-d 6oed-2 5ysl-2 7k3q-d 3qeh-1 4xbp-1 3nab-d 3eo0-1 5dmg-1 4hwe-d 7lk9-4 5gir-1 2ai0-4 6xud-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: 3E9 anti-marinobufagenin antibody Fab heavy chain, recloned with human IgG4 C region

L: 3E9 antibody Fab light chain

A: 3E9 anti-marinobufagenin antibody Fab heavy chain, recloned with human IgG4 C region

B: 3E9 antibody Fab light chain

ヘテロ分子

97.3 kDa, 4 ポリマー
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1

H: 3E9 anti-marinobufagenin antibody Fab heavy chain, recloned with human IgG4 C region

L: 3E9 antibody Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: 3E9 anti-marinobufagenin antibody Fab heavy chain, recloned with human IgG4 C region

B: 3E9 antibody Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.920, 67.690, 71.986
Angle α, β, γ (deg.)	97.37, 106.35, 107.00
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	H
2	1	A
1	2	L
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Label seq-ID: 2 - 215

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	1	VAL	VAL	H	A	2 - 215
2	1	VAL	VAL	A	C	2 - 215
1	2	ASN	ASN	L	B	2 - 214
2	2	ASN	ASN	B	D	2 - 214

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	3E9 anti-marinobufagenin antibody Fab heavy chain, recloned with human IgG4 C region 分子量: 24185.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	3E9 antibody Fab light chain 分子量: 24077.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-P4S / (3beta,5beta,14alpha,15beta)-3,5-dihydroxy-14,15-epoxybufa-20,22-dienolide / マリノブファゲニン分子量: 400.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, PEG 3350, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→80 Å / Num. obs: 51985 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.031 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1404 / CC_1/2: 0.827 / R_pim(I) all: 0.324 / R_rim(I) all: 0.458 / % possible all: 47.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PUB

4pub

解像度: 2→67.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 12.17 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.25 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2764	2269	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22851	-	-	-
obs	0.23098	41801	77.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.349 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	-0.47 Å²	0.03 Å²
2-	-	-0.13 Å²	-0.23 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→67.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6455	0	58	445	6958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	6682
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.969	9110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.009	3	14223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.914	5	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.119	24.102	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.153	15	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.891	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.372	1.432	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.372	1.432	3343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.679	2.144	4166
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.679	2.145	4167
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.316	1.479	3338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.316	1.479	3339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.576	2.207	4939
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.216	12.058	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.136	11.761	7101
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	H	22830
1	2	A	22830
2	1	L	23056
2	2	B	23056

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	26	-
R_work	0.264	751	-
obs	-	-	18.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8693	-0.716	-1.1742	3.7416	1.1735	2.5149	-0.1628	-0.1953	0.0133	0.2326	0.3747	0.1505	0.0678	0.4791	-0.2119	0.0302	0.0532	0.0289	0.2106	0.0224	0.0636	55.5482	-42.0115	-3.9635
2	6.9117	-0.195	-1.4189	3.3332	0.2721	2.1647	0.2178	0.5185	-0.1377	-0.4088	-0.0203	-0.0822	0.044	-0.165	-0.1975	0.1915	0.1091	-0.04	0.1325	-0.0229	0.04	35.4227	-71.497	-6.0921
3	4.3929	0.71	-0.6682	2.9108	0.7852	1.694	-0.0244	-0.1307	0.2319	0.1678	0.0121	-0.0222	0.0286	0.1978	0.0124	0.0628	0.0295	0.0178	0.0643	0.0436	0.0675	38.0338	-36.1116	8.4732
4	3.5582	-1.0781	-1.9336	3.8221	0.5863	1.5013	0.1612	-0.3344	-0.1961	0.158	-0.097	-0.116	0.1851	0.2978	-0.0642	0.1852	0.043	-0.1224	0.0995	-0.0095	0.085	34.4712	-70.3572	10.2428
5	2.9644	-0.7808	-1.8196	4.2398	0.8289	3.6985	-0.237	-0.366	-0.0479	0.2308	0.412	0.0931	0.0504	0.2327	-0.175	0.0322	0.0284	0.0134	0.1981	0.0379	0.0243	19.0329	-52.1986	-20.1317
6	2.2881	-0.1361	-0.5333	3.6323	-0.4477	6.2881	-0.0358	0.0667	0.2877	0.259	-0.2086	0.3192	-0.2217	-0.6265	0.2445	0.1222	-0.0046	0.066	0.0891	-0.0761	0.1869	26.6206	-19.005	-30.1012
7	2.3267	0.1835	-1.9159	3.2128	-1.2414	5.5573	0.0133	-0.0143	-0.129	-0.3011	0.0633	-0.0683	0.2646	0.1237	-0.0765	0.0662	-0.0349	-0.0216	0.0535	0.008	0.0321	29.9274	-56.1513	-38.9828
8	1.2961	0.6167	0.2453	4.0334	2.7116	5.1985	0.0072	-0.1877	0.0428	0.3996	-0.1147	-0.2552	0.0355	0.4512	0.1075	0.1323	-0.0403	0.0338	0.1083	0.0506	0.1689	41.9966	-24.8803	-32.7068

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	2 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	121 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	2 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	109 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	2 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	121 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	109 - 212

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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