PDB-6ll8: Type II inorganic pyrophosphatase (PPase) from the psychrophilic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ll8

タイトル

Type II inorganic pyrophosphatase (PPase) from the psychrophilic bacterium Shewanella sp. AS-11, Mg-PNP form

要素

Inorganic pyrophosphatase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella sp. AS-11 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

Model details

Inorganic pyrophosphatase

データ登録者

Horitani, M. / Kusubayashi, K. / Oshima, K. / Yato, A. / Sugimoto, H. / Watanabe, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: X-ray Crystallography and Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy Reveal Active Site Rearrangement of Cold-Adapted Inorganic Pyrophosphatase.
著者: Horitani, M. / Kusubayashi, K. / Oshima, K. / Yato, A. / Sugimoto, H. / Watanabe, K.

履歴

登録	2019年12月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ll8.cif.gz	279.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ll8.ent.gz	219.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ll8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ll8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ll8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ll8_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	6ll8_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/6ll8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/6ll8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ll7C 2hawS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rjb-d 1c9y-d 6ove-2 1oth-d 6st1-1 6l46-d 2j0i-d 1fb5-d 7c7m-d 6dgp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.490, 78.980, 75.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.593, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Inorganic pyrophosphatase 分子量: 33749.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella sp. AS-11 (バクテリア) 遺伝子: ppia / プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L8AXY8

-
非ポリマー , 7種, 992分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-2PN / IMIDODIPHOSPHORIC ACID / イミドジホスファ-ト分子量: 176.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₅NO₆P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド分子量: 18.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	The cDNA sequence had a sequence coding Ser at the amino acid position of 116, which is different ...The cDNA sequence had a sequence coding Ser at the amino acid position of 116, which is different from R116 in the database entry (Uniprot L8AXY8). This conflict may be possibly derived from natural mutation or the presence of isoform.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 24%(w/v) PEG3350, 10 mM ammonium phosphate dibasic and 0.2 M NaCl., 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月8日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→46.6 Å / Num. obs: 149178 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.644 % / B_iso Wilson estimate: 17.793 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 1.124 / Net I/σ(I): 18.21

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.3-1.34	2.617	0.3	3.05	18810	0.906	0.366	72.3
1.34-1.4	3.119	0.243	4.28	31147	0.942	0.287	92.4
1.4-1.5	4.419	0.174	7.57	44582	0.977	0.197	99.4
1.5-1.7	5.166	0.111	12.99	61126	0.992	0.124	100
1.7-1.9	5.107	0.072	19.59	38033	0.996	0.081	99.9
1.9-2.1	5.225	0.054	26.71	24843	0.997	0.06	99.9
2.1-2.5	4.999	0.044	31.54	28949	0.998	0.049	99.8
2.5-4	5.146	0.034	37.66	31849	0.999	0.038	99.9
4-10	5.178	0.028	41.73	9627	0.999	0.032	99.8
10-46.6	5.037	0.03	42.57	652	0.998	0.033	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20190315	データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER	2.8.2	位相決定
Coot	0.8	モデル構築
XDS	20190315	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HAW

2haw

解像度: 1.3→46.568 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.98 / SU B: 0.921 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1216	7540	5.054 %
R_work	0.0965	-	-
all	0.098	-	-
obs	-	149178	98.271 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.123 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.469 Å²	0 Å²	0.148 Å²
2-	-	-0.022 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→46.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4680	0	85	971	5736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5137
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.796	1.648	7026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.562	1.587	11577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.599	5	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.083	23.644	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.608	15	941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.566	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	982
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	4634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.015	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.023	1.169	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.014	1.167	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.305	1.764	3215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.307	1.766	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.98	1.453	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.98	1.454	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.37	2.075	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.37	2.076	3769
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.925	16.755	6207
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.691	16.083	6057
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.249	3	10093

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.209	430	0.183	8611	X-RAY DIFFRACTION	81.1871
1.334-1.37	0.163	525	0.134	9988	X-RAY DIFFRACTION	95.8865
1.37-1.41	0.134	548	0.099	10020	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.41-1.453	0.114	498	0.077	9800	X-RAY DIFFRACTION	99.9903
1.453-1.501	0.104	519	0.068	9455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.501-1.554	0.092	515	0.062	9154	X-RAY DIFFRACTION	100
1.554-1.612	0.105	469	0.065	8858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.612-1.678	0.102	460	0.065	8558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.753	0.104	400	0.069	8172	X-RAY DIFFRACTION	99.9883
1.753-1.838	0.108	426	0.07	7852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.838-1.938	0.108	415	0.078	7384	X-RAY DIFFRACTION	100
1.938-2.055	0.102	383	0.083	7086	X-RAY DIFFRACTION	99.9866
2.055-2.197	0.113	340	0.084	6604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.197-2.373	0.107	346	0.086	6146	X-RAY DIFFRACTION	99.9846
2.373-2.599	0.113	297	0.092	5706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.599-2.905	0.131	273	0.105	5138	X-RAY DIFFRACTION	99.9815
2.905-3.354	0.139	242	0.113	4549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.354-4.105	0.132	192	0.11	3877	X-RAY DIFFRACTION	99.9754
4.105-5.797	0.142	168	0.127	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.9369
5.797-46.568	0.163	94	0.184	1682	X-RAY DIFFRACTION	99.8314

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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