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- PDB-6l46: High-resolution neutron and X-ray joint refined structure of copp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l46
タイトルHigh-resolution neutron and X-ray joint refined structure of copper-containing nitrite reductase from Geobacillus thermodenitrificans
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / copper / nitrite reductase / neutron
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like ...Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DEUTERATED WATER / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Fukuda, Y. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Inoue, T. / Tamada, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: High-resolution neutron crystallography visualizes an OH-bound resting state of a copper-containing nitrite reductase.
著者: Fukuda, Y. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Inoue, T. / Tamada, T.
履歴
登録2019年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9548
ポリマ－35,5231
非ポリマー4317
水8,251458
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,86224
ポリマ－106,5693
非ポリマー1,29221
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area11550 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area27460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.212, 114.212, 83.688
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-947-

DOD

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase


分子量: 35523.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
遺伝子: nirK, GTHT12_00198 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W6VP04, nitrite reductase (NO-forming)

-
非ポリマー , 5種, 465分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M acetate buffer pH 4.6, 5.5% (w/v) PEG 4000, and 50 mM CuSO4

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NE3A11
SPALLATION SOURCEJPARC MLF BL-03J-PARC MLF BEAMLINE BL-0322.15-4.89
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 2M-F1PIXEL2018年12月16日
iBIX2DIFFRACTOMETER2018年11月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
22.151
34.891
反射

Entry-ID: 6L46

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsRpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)Biso Wilson estimate (Å2)
1.03-42.5820125199.99.60.0650.021121.2
1.5-17.386499799.76.60.230.09729.56.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.03-1.057.10.6413.598870.9070.253198.7
1.5-1.595.30.6082.294950.7820.285299.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
STARGazerデータ削減
精密化

SU ML: 0.0616 / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 10.3815 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4YSO

4yso

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-ID交差検証法σ(F)
1.3-34.13X-RAY DIFFRACTION15.480.11170.09730.097825161001272.511001THROUGHOUT2
1.5-17.071NEUTRON DIFFRACTION0.15860.14160.14212006649643.0999.692FREE R-VALUE
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→34.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2314 0 14 458 2786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05359476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0904383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075898
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.03911444
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0085648
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.05359476
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0904383
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075898
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.03911444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.320.1377810.09715480X-RAY DIFFRACTION100
1.32-1.350.1241800.09465485X-RAY DIFFRACTION100
1.35-1.380.099810.09475462X-RAY DIFFRACTION100
1.38-1.410.1366820.09215493X-RAY DIFFRACTION99.98
1.41-1.450.1021790.09265464X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.490.1011820.09035519X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.530.11421400.08785365X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.580.10681750.08815423X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.640.10691690.08685381X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.70.10071740.08965431X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.780.08931680.09125357X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.870.12021740.09745407X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.990.13421690.10485400X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.150.11521720.10065374X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.360.09881760.0925381X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.70.111760.0965406X-RAY DIFFRACTION100
2.7-3.410.10861710.09995388X-RAY DIFFRACTION100
3.41-34.10.12081670.11135395X-RAY DIFFRACTION99.93
1.5-1.540.2241400.19084484NEUTRON DIFFRACTION99
1.5375-1.5790.19691450.1764491NEUTRON DIFFRACTION100
1.579-1.62550.17581440.16894522NEUTRON DIFFRACTION100
1.6255-1.67790.17151430.1564480NEUTRON DIFFRACTION100
1.6779-1.73780.17961410.14694500NEUTRON DIFFRACTION100
1.7378-1.80730.18731430.14584485NEUTRON DIFFRACTION100
1.8073-1.88950.15281450.13754563NEUTRON DIFFRACTION100
1.8895-1.98890.16541420.12854494NEUTRON DIFFRACTION100
1.9889-2.11330.1331440.11244528NEUTRON DIFFRACTION100
2.1133-2.27620.1221480.11044494NEUTRON DIFFRACTION100
2.2762-2.50460.13391440.11024494NEUTRON DIFFRACTION100
2.5046-2.86550.14761450.1274522NEUTRON DIFFRACTION100
2.8655-3.60460.14151440.13314505NEUTRON DIFFRACTION100
3.6046-17.070.14451380.15844391NEUTRON DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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