PDB-6ll7: Type II inorganic pyrophosphatase (PPase) from the psychrophilic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ll7

タイトル

Type II inorganic pyrophosphatase (PPase) from the psychrophilic bacterium Shewanella sp. AS-11, Mn-activated form

要素

Inorganic pyrophosphatase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella sp. AS-11 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

Model details

Inorganic pyrophosphatase

データ登録者

Horitani, M. / Kusubayashi, K. / Oshima, K. / Yato, A. / Sugimoto, H. / Watanabe, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: X-ray Crystallography and Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy Reveal Active Site Rearrangement of Cold-Adapted Inorganic Pyrophosphatase.
著者: Horitani, M. / Kusubayashi, K. / Oshima, K. / Yato, A. / Sugimoto, H. / Watanabe, K.

履歴

登録	2019年12月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ll7.cif.gz	427.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ll7.ent.gz	344.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ll7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/6ll7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/6ll7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ll8C 2hawS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bms-d 4tm5-d 6hm2-1 4yp8-1 5uiq-4 5ack-d 1gxo-d 5vil-3 7k46-d 4y73-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

C: Inorganic pyrophosphatase

D: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

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4

D: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.530, 75.570, 85.670
Angle α, β, γ (deg.)	107.397, 90.060, 92.169
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains A D
4	4	Chains B C
5	5	Chains B D
6	6	Chains C D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Inorganic pyrophosphatase 分子量: 33749.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella sp. AS-11 (バクテリア) 遺伝子: ppia / プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L8AXY8
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	The cDNA sequence had a sequence coding Ser at the amino acid position of 116, which is different ...The cDNA sequence had a sequence coding Ser at the amino acid position of 116, which is different from R116 in the database entry (Uniprot L8AXY8). This conflict may be possibly derived from natural mutation or the presence of isoform.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30%(w/v) PEG3350, 0.5 M NaCl, 0.1 M glycine and 0.1 M citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→48 Å / Num. obs: 61908 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.494 % / B_iso Wilson estimate: 37.615 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_rim(I) all: 0.146 / Χ²: 0.879 / Net I/σ(I): 6.88

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.33	3.665	0.637	1.98	9866	0.764	0.747	95.4
2.33-2.49	3.614	0.44	2.76	9445	0.867	0.517	97.4
2.49-2.69	3.469	0.326	3.56	8802	0.92	0.387	97.6
2.69-2.95	3.421	0.218	5.13	8101	0.961	0.259	97
2.95-3.29	3.421	0.132	7.9	7317	0.982	0.157	97.2
3.29-3.8	3.517	0.091	11.42	6452	0.989	0.107	97.8
3.8-4.65	3.387	0.07	13.95	5405	0.991	0.084	96.4
4.65-6.54	3.259	0.067	14.18	4158	0.991	0.08	95.3
6.54-48	3.467	0.055	17.48	2362	0.995	0.065	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20180409	データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER	2.8.2	位相決定
XDS	Version January 26, 2018	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HAW

2haw

解像度: 2.2→47.509 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 23.464 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.277 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2972	2985	4.925 %
R_work	0.2561	-	-
all	0.258	-	-
obs	-	60604	94.973 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.534 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.314 Å²	1.854 Å²	-0.157 Å²
2-	-	3.041 Å²	0.448 Å²
3-	-	-	-1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9360	0	10	276	9646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	9544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9108
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0	0.01	2
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.4	1.633	12892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.208	1.578	21160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.124	5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.751	24.151	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.76	15	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.04	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	8101
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	4520
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	4136
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.084	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.341	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.97	3.141	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.97	3.14	4891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.631	4.706	6108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.631	4.707	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.894	3.232	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.89	3.233	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.516	4.813	6784
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.516	4.814	6785
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.045	35.746	10058
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.025	35.753	10055
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.039	0.05	9694
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.038	0.05	9649
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.027	0.05	9716
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.039	0.05	9692
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.037	0.05	9684
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.033	0.05	9649

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.383	221	0.36	4194	X-RAY DIFFRACTION	93.5778
2.257-2.319	0.397	216	0.339	4169	X-RAY DIFFRACTION	95.7842
2.319-2.386	0.368	216	0.32	4139	X-RAY DIFFRACTION	96.2431
2.386-2.459	0.352	184	0.312	3979	X-RAY DIFFRACTION	96.6117
2.459-2.54	0.323	198	0.303	3829	X-RAY DIFFRACTION	96.5476
2.54-2.628	0.329	179	0.297	3775	X-RAY DIFFRACTION	96.2044
2.628-2.727	0.351	195	0.295	3554	X-RAY DIFFRACTION	96.1036
2.727-2.838	0.327	191	0.271	3442	X-RAY DIFFRACTION	96.1874
2.838-2.964	0.322	164	0.261	3296	X-RAY DIFFRACTION	95.9512
2.964-3.108	0.341	157	0.283	3188	X-RAY DIFFRACTION	96.0931
3.108-3.276	0.352	147	0.28	3018	X-RAY DIFFRACTION	95.3888
3.276-3.473	0.333	151	0.28	2784	X-RAY DIFFRACTION	94.4945
3.473-3.712	0.254	135	0.245	2588	X-RAY DIFFRACTION	93.5417
3.712-4.008	0.242	141	0.222	2400	X-RAY DIFFRACTION	92.5683
4.008-4.387	0.2	132	0.192	2189	X-RAY DIFFRACTION	92.4333
4.387-4.9	0.26	98	0.197	2000	X-RAY DIFFRACTION	93.1203
4.9-5.649	0.284	92	0.203	1802	X-RAY DIFFRACTION	93.8088
5.649-6.897	0.291	71	0.216	1507	X-RAY DIFFRACTION	93.2073
6.897-9.663	0.218	65	0.184	1121	X-RAY DIFFRACTION	90.7422
9.663-47.509	0.244	32	0.227	645	X-RAY DIFFRACTION	89.6689

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.678	-0.0455	-0.0042	0.2021	0.0776	0.6431	-0.0136	0.0375	0.016	-0.0139	0.009	-0.0034	-0.0175	-0.0808	0.0046	0.0761	0.0655	0.0137	0.0722	0.0107	0.0487	8.2	21.89	12.3276
2	2.1411	0.165	-0.2231	3.3881	0.9601	1.6412	0.3227	0.3881	0.3753	-0.1666	-0.1475	-0.6754	-0.2856	-0.17	-0.1752	0.1846	0.1129	0.1035	0.1069	0.1246	0.2447	14.7628	42.4771	0.2066
3	0.449	0.045	-0.0123	0.1835	-0.0801	0.7726	0.0027	0.0046	-0.0215	0.0168	-0.0266	0.0174	-0.0062	0.0639	0.0239	0.1146	0.07	0.0141	0.0536	0.0107	0.0764	32.8831	15.0649	31.6311
4	1.8169	0.3155	-0.2046	1.8985	0.3356	1.3514	0.3028	-0.2793	0.2484	0.1983	-0.3479	0.2742	-0.0719	-0.0892	0.0451	0.2074	0.012	0.1022	0.1383	-0.0524	0.0771	26.8179	26.1406	52.9976
5	0.449	-0.0726	0.1129	0.3097	-0.2339	0.5708	-0.0752	0.0297	0.033	0.0255	0.0052	0.0411	0.0121	0.0392	0.0699	0.1078	0.0409	0.0232	0.0252	0.0234	0.0838	56.2279	67.6307	48.4937
6	1.3937	0.3221	-0.3151	2.8489	-0.1756	0.6156	0.1033	0.1249	-0.1694	-0.4222	-0.1203	0.4633	-0.0279	0.0279	0.0169	0.1999	0.1165	-0.0854	0.0849	-0.0387	0.1184	49.9772	56.1402	27.5115
7	0.4993	-0.008	-0.1888	0.0744	0.0803	0.8874	-0.0363	-0.0248	-0.0052	0.0278	0.0205	-0.0032	0.0127	-0.0031	0.0158	0.0985	0.0757	0.0331	0.0588	0.0204	0.0699	31.5333	61.0937	67.8796
8	2.7526	-0.294	-0.3587	1.9525	0.1942	1.6694	-0.1025	-0.4291	-0.3763	-0.1097	0.1259	-0.2381	0.2257	0.0846	-0.0234	0.1872	0.0858	0.0746	0.105	0.0713	0.1107	38.2648	40.5763	80.4438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 200
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	201 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	2 - 200
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	201 - 307
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	C	2 - 200
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	C	201 - 307
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	D	2 - 200
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	D	201 - 307

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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