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Yorodumi- PDB-6hm2: Structure in P1 form of the PBP AgtB in complex with agropinic ac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hm2 | ||||||
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Title | Structure in P1 form of the PBP AgtB in complex with agropinic acid from A.tumefacien R10 | ||||||
Components | Agropine permease | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / ABC transporter | ||||||
Function / homology | Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / agropinic acid / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Agrobacterium tumefaciens LBA4213 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | ||||||
Authors | Morera, S. / Marty, L. / Vigouroux, A. | ||||||
Citation | Journal: Biochem. J. / Year: 2019 Title: Structural basis for two efficient modes of agropinic acid opine import into the bacterial pathogenAgrobacterium tumefaciens. Authors: Marty, L. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Pelissier, F. / Meyer, T. / Lavire, C. / Dessaux, Y. / Morera, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hm2.cif.gz | 625.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hm2.ent.gz | 516.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hm2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6hm2_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6hm2_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 6hm2_validation.xml.gz | 66.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6hm2_validation.cif.gz | 95.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/6hm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/6hm2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6hlxC 6hlyC 6hlzC 5l9gS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37291.898 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Agrobacterium tumefaciens LBA4213 (Ach5) (bacteria) Gene: agtB, X971_5368 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: W8FRA6 #2: Chemical | ChemComp-G9Z / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density % sol: 32.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: PEG 8K, 0.1 M Tris, 0.2 M CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.74→50 Å / Num. obs: 129664 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.08 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 7.58 |
Reflection shell | Resolution: 1.74→1.85 Å / Rsym value: 0.897 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5L9G Resolution: 1.74→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.113
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Displacement parameters | Biso mean: 36.62 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.74→49.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.74→1.76 Å / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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