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- PDB-6g8k: 14-3-3sigma in complex with a S131beta3S mutated YAP pS127 phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g8k
タイトル14-3-3sigma in complex with a S131beta3S mutated YAP pS127 phosphopeptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • ACE-ARG-ALA-HIS-SEP-SER-PRO-ALA-BSE-LEU-GLN
キーワードONCOPROTEIN / beta amino acid / hippo pathway / YAP/TAZ
機能・相同性
機能・相同性情報


enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / bud elongation involved in lung branching / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / glandular epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / polarized epithelial cell differentiation ...enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / bud elongation involved in lung branching / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / glandular epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / polarized epithelial cell differentiation / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / heart process / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / regulation of stem cell proliferation / tissue homeostasis / intestinal epithelial cell development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / Formation of axial mesoderm / negative regulation of stem cell differentiation / female germ cell nucleus / embryonic heart tube morphogenesis / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / proline-rich region binding / Signaling by Hippo / organ growth / negative regulation of epithelial cell differentiation / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of epidermal cell differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Zygotic genome activation (ZGA) / somatic stem cell population maintenance / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / regulation of neurogenesis / negative regulation of keratinocyte proliferation / Activation of BAD and translocation to mitochondria / establishment of skin barrier / vasculogenesis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of osteoblast differentiation / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of stem cell proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Nuclear signaling by ERBB4 / cellular response to retinoic acid / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / keratinocyte differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / protein export from nucleus / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of epithelial cell proliferation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / response to progesterone / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / transcription coregulator activity / negative regulation of protein kinase activity / wound healing / cell morphogenesis / cellular response to gamma radiation / positive regulation of protein localization to nucleus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / transcription corepressor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell-cell junction / protein localization / cell junction / regulation of protein localization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity
類似検索 - 分子機能
: / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. ...: / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / Transcriptional coactivator YAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Andrei, S.A. / Thijssen, V. / Brunsveld, L. / Ottmann, C. / Milroy, L.G.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific ResearchECHO-STIP 717.014.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific ResearchGravity program 024.001.035 オランダ
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: A study on the effect of synthetic alpha-to-beta3-amino acid mutations on the binding of phosphopeptides to 14-3-3 proteins.
著者: Andrei, S.A. / Thijssen, V. / Brunsveld, L. / Ottmann, C. / Milroy, L.G.
履歴
登録2018年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: ACE-ARG-ALA-HIS-SEP-SER-PRO-ALA-BSE-LEU-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8366
ポリマ－27,7182
非ポリマー1184
水6,972387
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: ACE-ARG-ALA-HIS-SEP-SER-PRO-ALA-BSE-LEU-GLN
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: ACE-ARG-ALA-HIS-SEP-SER-PRO-ALA-BSE-LEU-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,67312
ポリマ－55,4364
非ポリマー2368
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area23860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.260, 111.730, 62.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド ACE-ARG-ALA-HIS-SEP-SER-PRO-ALA-BSE-LEU-GLN


分子量: 1175.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BSE is a beta3-serine unnatural amino acid / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46937*PLUS

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非ポリマー , 4種, 391分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES, pH 7.1, 29% PEG 400, 0.19 M CaCl2, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→66.24 Å / Num. obs: 79674 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 12.32 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 932846 / Scaling rejects: 435
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.25-1.277.60.85338400.6690.3240.91598.8
6.85-66.2412.70.0775620.980.0230.08199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.3 Å66.24 Å
Translation5.3 Å66.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3mhr

3mhr


解像度: 1.25→55.865 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1597 1990 2.5 %
Rwork0.141 --
obs0.1415 79638 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.82 Å2 / Biso mean: 17.6523 Å2 / Biso min: 4.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→55.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1895 0 4 387 2286
Biso mean--20.91 29.39 -
残基数----241
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.25-1.28130.25181380.2375447558599
1.2813-1.31590.25681560.254645620100
1.3159-1.35460.2191410.188155025643100
1.3546-1.39840.22581420.178455025644100
1.3984-1.44830.16971300.151355175647100
1.4483-1.50630.15441490.122255355684100
1.5063-1.57490.13381390.113254885627100
1.5749-1.65790.15311500.115355075657100
1.6579-1.76180.16821290.119655515680100
1.7618-1.89790.12971330.121755385671100
1.8979-2.08880.1341360.122455785714100
2.0888-2.39110.1421540.117755855739100
2.3911-3.01250.15531510.141556195770100
3.0125-55.92080.1641420.158658155957100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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