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- PDB-6qhl: 14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qhl
タイトル14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Transcription factor p65
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 / p65
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR / SUMOylation of immune response proteins / ankyrin repeat binding / CLEC7A/inflammasome pathway ...prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR / SUMOylation of immune response proteins / ankyrin repeat binding / CLEC7A/inflammasome pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / negative regulation of protein sumoylation / Interleukin-1 processing / postsynapse to nucleus signaling pathway / defense response to tumor cell / cellular response to interleukin-6 / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Regulation of NFE2L2 gene expression / actinin binding / positive regulation of miRNA metabolic process / response to UV-B / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of amyloid-beta formation / vascular endothelial growth factor signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / NF-kappaB complex / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / phosphate ion binding / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / regulation of cell-cell adhesion / TRAF6 mediated NF-kB activation / establishment of skin barrier / cellular response to angiotensin / Transcriptional Regulation by VENTX / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / The NLRP3 inflammasome / hair follicle development / negative regulation of keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular response to interleukin-1 / general transcription initiation factor binding / cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of protein localization to plasma membrane / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / NF-kappaB binding / negative regulation of protein kinase activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / cellular defense response / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of protein localization / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / canonical NF-kappaB signal transduction / peptide binding / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / protein export from nucleus / response to cytokine / CD209 (DC-SIGN) signaling / negative regulation of miRNA transcription / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / negative regulation of innate immune response / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / response to interleukin-1 / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / antiviral innate immune response / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / NF-kB is activated and signals survival / animal organ morphogenesis / : / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / protein sequestering activity / liver development / neuropeptide signaling pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. ...Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / 14-3-3 domain / ig-like, plexins, transcription factors / Delta-Endotoxin; domain 1 / IPT domain / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Wolter, M. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European CommissionH2020 Marie Curie Actions, Grant Agreement 675179 オランダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Selectivity via Cooperativity: Preferential Stabilization of the p65/14-3-3 Interaction with Semisynthetic Natural Products.
著者: Wolter, M. / de Vink, P. / Neves, J.F. / Srdanovic, S. / Higuchi, Y. / Kato, N. / Wilson, A. / Landrieu, I. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcription factor p65
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8784
ポリマ－29,6942
非ポリマー1842
水7,800433
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcription factor p65
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcription factor p65
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7568
ポリマ－59,3884
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.340, 112.390, 62.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-410-

HOH

21A-775-

HOH

31A-810-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28210.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Transcription factor p65 / Nuclear factor NF-kappa-B p65 subunit / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 3


分子量: 1483.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RELA, NFKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04206
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.095 M HEPES Na pH 7.1, 28% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→62.61 Å / Num. obs: 90213 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Num. unique obs: 4101 / CC1/2: 0.9 / Rrim(I) all: 0.438 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.2→56.195 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1644 4562 5.06 %
Rwork0.15 --
obs0.1507 90176 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→56.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1901 0 12 433 2346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0582830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.965818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.21360.21621490.20922594X-RAY DIFFRACTION91
1.2136-1.22790.20631660.19112660X-RAY DIFFRACTION95
1.2279-1.24290.21191310.18182775X-RAY DIFFRACTION98
1.2429-1.25860.17761380.18192821X-RAY DIFFRACTION99
1.2586-1.27520.19011710.17112824X-RAY DIFFRACTION100
1.2752-1.29270.18051680.16822853X-RAY DIFFRACTION100
1.2927-1.31110.17081710.1652799X-RAY DIFFRACTION100
1.3111-1.33070.19851740.16262840X-RAY DIFFRACTION100
1.3307-1.35150.16181510.16352817X-RAY DIFFRACTION100
1.3515-1.37370.16751600.15932861X-RAY DIFFRACTION100
1.3737-1.39730.17631710.16212860X-RAY DIFFRACTION100
1.3973-1.42280.17121470.15832852X-RAY DIFFRACTION100
1.4228-1.45010.16531580.15152832X-RAY DIFFRACTION100
1.4501-1.47970.15911640.14922841X-RAY DIFFRACTION100
1.4797-1.51190.15181510.14712849X-RAY DIFFRACTION100
1.5119-1.54710.17111580.14842848X-RAY DIFFRACTION100
1.5471-1.58580.16141410.14232870X-RAY DIFFRACTION100
1.5858-1.62860.13931430.13872867X-RAY DIFFRACTION100
1.6286-1.67660.14661520.13752870X-RAY DIFFRACTION100
1.6766-1.73070.14641470.13852868X-RAY DIFFRACTION100
1.7307-1.79260.18951470.14522884X-RAY DIFFRACTION100
1.7926-1.86430.15621430.1492877X-RAY DIFFRACTION100
1.8643-1.94920.16641410.14652897X-RAY DIFFRACTION100
1.9492-2.05190.17791310.14262893X-RAY DIFFRACTION100
2.0519-2.18050.14171430.13312906X-RAY DIFFRACTION100
2.1805-2.34890.14421340.1312912X-RAY DIFFRACTION100
2.3489-2.58530.15711590.13632903X-RAY DIFFRACTION100
2.5853-2.95930.16541460.14912916X-RAY DIFFRACTION100
2.9593-3.72830.15911440.14462961X-RAY DIFFRACTION100
3.7283-56.25670.171630.16763064X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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