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- PDB-6y3w: Ternary complex of 14-3-3 sigma (C38N), Estrogen Related Receptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y3w
タイトルTernary complex of 14-3-3 sigma (C38N), Estrogen Related Receptor gamma (DBD) phosphopeptide, and disulfide PPI stabilizer 1
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Estrogen Related Receptor gamma phosphopetide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / ERRy phosphopeptide / disulfide / stabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors ...AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / estrogen response element binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / retinoic acid receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / steroid binding / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell growth / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / cadherin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein ...Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O85 / 14-3-3 protein sigma / Estrogen-related receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Somsen, B.A. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.001.035 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)016.150.366 オランダ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Fluorescence Anisotropy-Based Tethering for Discovery of Protein-Protein Interaction Stabilizers.
著者: Sijbesma, E. / Somsen, B.A. / Miley, G.P. / Leijten-van de Gevel, I.A. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R. / Ottmann, C.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen Related Receptor gamma phosphopetide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0917
ポリマ－27,7692
非ポリマー3225
水6,593366
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen Related Receptor gamma phosphopetide
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen Related Receptor gamma phosphopetide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,18214
ポリマ－55,5384
非ポリマー64310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area23220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.532, 112.487, 62.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-723-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26553.875 Da / 分子数: 1 / 変異: C38N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Estrogen Related Receptor gamma phosphopetide


分子量: 1215.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide contains a C-terminal amide, whereby the nitrogen is build in as ligand
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62508*PLUS

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非ポリマー , 4種, 371分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-O85 / 3-fluoranyl-~{N}-methyl-~{N}-(2-sulfanylethyl)benzamide


分子量: 213.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12FNOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES (pH 7.3), 0.19 M CaCl2, 25% (v/v) PEG 400 and 5% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→66.54 Å / Num. obs: 65188 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.34→1.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2959 / CC1/2: 0.811

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P1N

3p1n


解像度: 1.34→45.646 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1866 1680 2.58 %
Rwork0.1637 63477 -
obs0.1643 65157 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.82 Å2 / Biso mean: 19.1733 Å2 / Biso min: 6.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.34→45.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1885 0 30 366 2281
Biso mean--25.27 30.14 -
残基数----243
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.34-1.37940.29641340.2575480192
1.3794-1.4240.23541510.2308521699
1.424-1.47490.21431250.20215248100
1.4749-1.53390.20671440.17965296100
1.5339-1.60370.20211350.16685290100
1.6037-1.68830.17171260.15445312100
1.6883-1.79410.1551510.15745329100
1.7941-1.93260.18831400.1615289100
1.9326-2.12710.19091350.15345364100
2.1271-2.43480.16191420.14625358100
2.4348-3.06760.19281520.15875389100
3.0676-45.6460.1831450.16395585100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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