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- PDB-6g6e: Crystal structure of a parallel seven-helix coiled coil CC-Type2-deLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g6e
タイトルCrystal structure of a parallel seven-helix coiled coil CC-Type2-deLI
要素CC-Type2-deLI
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo / coiled coil / alpha-helical bundle / synthetic construct
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764/1 英国
European Research Council340764 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Maintaining and breaking symmetry in homomeric coiled-coil assemblies.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Lang, E.J.M. / Mulholland, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2018年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Type2-deLI
B: CC-Type2-deLI
C: CC-Type2-deLI
D: CC-Type2-deLI
E: CC-Type2-deLI
F: CC-Type2-deLI
G: CC-Type2-deLI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,04812
ポリマ－22,5887
非ポリマー4605
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13590 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area9790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.201, 47.950, 129.339
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-101-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Type2-deLI


分子量: 3226.807 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
詳細: solid-phase peptide synthesis using the fmoc-based strategy
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.22 % / Mosaicity: 0.22 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Magnesium Chloride hexahydrate, 50 mM Sodium HEPES and 15% w/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→64.67 Å / Num. obs: 65209 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 746680 / Scaling rejects: 239
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.26-1.289.91.11931760.8350.3691.1899.5
6.9-64.6710.10.074850.9930.0250.07599.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.26 Å64.67 Å
Translation1.26 Å64.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.26→64.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.086 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2012 3271 5 %RANDOM
Rwork0.1805 ---
obs0.1815 61872 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.08 Å2 / Biso mean: 22.505 Å2 / Biso min: 12.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.32 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.26→64.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1599 0 30 171 1800
Biso mean--53.28 40.87 -
残基数----220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0181974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0232176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0151.8912584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9041.9675024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4345210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.27523.37837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.36915255
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
LS精密化 シェル解像度: 1.26→1.293 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 224 -
Rwork0.368 4509 -
all-4733 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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