PDB-2hy6: A seven-helix coiled coil

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hy6

タイトル

A seven-helix coiled coil

要素

General control protein GCN4

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / protein design / parallel heptamer / protein structure

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Liu, J. / Zheng, Q. / Deng, Y. / Cheng, C.S. / Kallenbach, N.R. / Lu, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: A seven-helix coiled coil.
著者: Liu, J. / Zheng, Q. / Deng, Y. / Cheng, C.S. / Kallenbach, N.R. / Lu, M.

履歴

登録	2006年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hy6.cif.gz	57 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hy6.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hy6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hy6_validation.pdf.gz	441 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hy6_full_validation.pdf.gz	444 KB	表示
XML形式データ	2hy6_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	2hy6_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/2hy6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/2hy6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b1fS 1gcl 1gcm 2b22 2zta S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6voq-d 6g6e-d 6g66-d 5eza-d 1e4c-d 6g69-1 4eto-d 2a24-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: General control protein GCN4

B: General control protein GCN4

C: General control protein GCN4

D: General control protein GCN4

E: General control protein GCN4

F: General control protein GCN4

G: General control protein GCN4

ヘテロ分子

26.5 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.487, 35.302, 48.985
Angle α, β, γ (deg.)	86.54, 104.28, 99.95
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

The biological assembly is a heptamer.

#1: タンパク質・ペプチド	General control protein GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein 分子量: 3644.207 Da / 分子数: 7 / 断片: residues 250-281 / 変異: E7A, K9A, L14A, K16A, E21A, E23A, K28A, L30A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: GCN4, AAS3, ARG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069
#2: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.1M potassium dihydrogen phosphate, 1.4M hexanediol, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月25日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→47.5 Å / Num. all: 51370 / Num. obs: 51370 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 12.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2540 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345	345DTB	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B1F

2b1f

解像度: 1.25→47.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 1.741 / SU ML: 0.035 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	2596	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
all	0.182	51370	-	-
obs	0.182	51370	91.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.337 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.25 Å²	0 Å²	0.25 Å²
2-	-	-0.97 Å²	0.42 Å²
3-	-	-	2.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→47.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1593	0	64	179	1836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.081	1.976	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.589	5	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.495	25.775	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.985	15	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.263	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.29	0.2	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.795	1.5	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.251	2	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.596	3	616
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.966	4.5	548
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.248→1.28 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	166	-
R_work	0.238	3333	-
obs	-	3499	90.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4334	-0.1371	-0.1575	6.0275	4.1761	5.5917	0.0041	-0.1803	0.0069	0.3024	-0.0978	0.1766	0.0857	-0.1258	0.0937	-0.0536	0.0049	0.0072	-0.0288	0.0052	-0.1541	-2.986	8.329	-3.658
2	2.0864	0.8199	0.8319	4.389	2.6072	3.3263	0.0222	-0.1012	0.0968	0.1008	-0.1205	0.198	-0.0014	-0.0979	0.0982	-0.0766	0.0094	0.0113	-0.0557	-0.0047	-0.158	-6.477	13.769	-8.386
3	2.018	1.5711	1.7529	3.9901	1.979	2.6072	-0.0468	-0.069	0.0631	-0.1247	-0.0648	0.1115	-0.1053	-0.1491	0.1117	-0.0624	0.011	-0.001	-0.0687	-0.0119	-0.1572	-3.499	18.591	-14.139
4	2.1163	1.212	1.7581	2.8345	2.1019	4.2123	-0.0763	0.0915	0.0896	-0.231	0.0307	-0.0413	-0.1525	0.0228	0.0456	-0.0398	0.013	0.0036	-0.0823	-0.002	-0.1655	3.195	18.043	-18.936
5	2.9898	1.3427	2.8227	1.9834	2.2723	5.9603	-0.0567	0.145	0.0191	-0.1747	0.1031	-0.0588	-0.184	0.1616	-0.0464	-0.0487	0.0093	0.0132	-0.0854	-0.0051	-0.1673	9.942	13.57	-18.061
6	1.7649	0.272	1.145	2.0961	1.1852	5.5524	0.0442	-0.0441	-0.0186	0.0383	0.034	-0.0567	0.133	0.0818	-0.0782	-0.0763	0.0095	0.004	-0.0894	-0.0098	-0.1697	10.958	6.93	-12.64
7	1.13	-0.3594	-0.0531	3.3914	2.4693	5.1139	0.0239	-0.0614	-0.0448	-0.0115	0.0231	0.0006	0.0748	-0.0098	-0.047	-0.0718	0.0013	-0.0061	-0.0896	-0.0031	-0.171	5.436	1.223	-11.11

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 33	3 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 33	3 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 33	3 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 34	3 - 34
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	3 - 33	3 - 33
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 32	1 - 32
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	3 - 32	3 - 32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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